שר הביטחון פרץ לשעבר ביקר בחריפות את התנהלות הממשלה על רקע התפטרותו של יעקב נגל מתפקיד מ״מ ראש המל״ל: ״אי-מינוי מחליף בתפקיד רגיש וחיוני כל-כך לביטחון המדינה הוא הפקרות מצד נתניהו.
עיסוקו האובססיבי בשליטה בתקשורת כאשר כבר מחודש ינואר 2016 אין ראש למטה לביטחון לאומי חושף סדר עדיפויות לקוי ומטריד ביותר של ראש הממשלה״. ח״כ עמיר פרץ, המועמד לתפקיד יו״ר מפלגת העבודה, הוסיף כי ״המל״ל הוא אחד מאבני היסוד האסטרטגיים של מערכת קבלת ההחלטות הצבאית והמדינית. תת-אלוף במיל׳ יעקב נגל שרת את המדינה במסירות בתפקידו הזמני ואנו חבים לו רבות. אי-מינויו של ראש קבוע לארגון,
כאשר כבר שמונה חודשים ידוע כי נגל לא ימשיך בתפקידו, מעלה את החשש הכבד כי העיסוק העצמי של נתניהו בהישרדותו הפוליטית בא על-חשבון ביטחון המדינה״