בנוסף, לפי התקנות החדשות יעודכנו ויוגדלו שיעורי הקנסות הקיימים על עבירות לפי חוק מס ערך מוסף. התקנות ייכנסו לתוקפן ב-1 בינואר 2016.
אלו העבירות שמעתה גם עבורן תתאפשר הטלת קנס:
חובת הצהרה שנתית של עוסק פטור לגבי מחזור עסקאותיו, אשר לא נאכפה עד כה באמצעות קנס. עם תחילת התקנות, אי הגשת הצהרה שנתית תחויב בקנס של 750 ₪.
עבירה על חוק סחר חופשי אילת – עבירות פליליות של הצגת חשבונית במע"מ אפס על סחורה שלא נכנסה בפועל לאילת או של העברת סחורה שחל עליה מס מע"מ אפס מאילת למקום אחר בישראל מבלי לבטל את העסקה, יוגדרו כעבירות מנהליות שבצדן קנס של 2,500 ₪.
חובת הגשת דו"ח שנתי מפורט במע"מ – הפרת חובת הדיווח תוגדר כעבירה שניתן להטיל בגינה קנס מינהלי שגובהו נע בין 500 ₪ ל-2,000 ₪, בהתאם לסוג העבירה וחומרתה.
קנסות על עבירות על פקודת הטבק – מכירת סיגריות או טבק לנרגילה/למקטרת שלא על פי פקודת הטבק (המתירה מכירת חפיסת סיגריות המכילה 20 סיגריות בלבד וחפיסת טבק לנרגילה המכילה 60 גרם בלבד), תגרור קנס של 4,000 ₪ לגבי סיגריות או פי שלושה מסכום מס הקנייה שחייבים בו הטובין, לפי הגבוה מביניהם, ואילו על טבק לנרגילה/למקטרת - קנס של 15,000 ₪ או פי שלושה מסכום מס הקנייה שחייבים בו הטובין, לפי הגבוה מביניהם.