באגודה לזכויות האזרח מזהירים כי בית הדין החדש, שיהיה כולו בסמכות ובאחריות משרד המשפטים, יבטל בפועל את עיקרון הפרדת הרשויות, ימנע ביקורת שיפוטית חיצונית על התנהלות משרד הפנים ויביא לפגיעה בזכויות האדם.
במכתב דחוף ששלח הבוקר עו"ד עודד פלר מהאגודה לזכויות האזרח לחברי הכנסת הוא מתריע, כי עם הקמת בית הדין ירוכזו הסמכויות הנוגעות להגירה ולמעמד של מי שאינם יהודים – הביצועיות, התחיקתיות והשיפוטיות – בידיהם של משרד הפנים ומשרד המשפטים. בהיעדר חקיקה שמסדירה את ההגירה והמעמד של מי שאינם יהודים, משרדי הממשלה יהיו אלו שיחוקקו את המדיניות באמצעות נהלים, יוציאו אותה אל הפועל, ואחר כך - ישפטו את עצמם, "ההצעה, אם תעבור, תפגע פגיעה אנושה בעקרון הפרדת הרשויות", כתב פלר לחברי הכנסת.
על פי הצעת החוק, דייני בית הדין יוכפפו למשרד המשפטים, וחוזי עבודתם יוגבלו לשלוש שנים. "משרדי הממשלה יוכלו להאריך את החוזים על פי שיקול דעתם ובהתאם לשביעות רצונם מתפקודם של הדיינים", כתב פלר. עוד קובעת ההצעה, כי הדיינים יהיו רשאים לקבל החלטות בתיקים שיובאו בפניהם ללא דיון פומבי, ולמעשה ללא דיון בעל פה. עוד על פי ההצעה, משרד הפנים יהיה פטור מהצגת מסמכים שונים לבית הדין, ויוכל לדרוש לקיים דיון במעמד צד אחד.
פלר מציין, כי הטעם להקמת "בית הדין לזרים" גלוי על פניו. "מערכת המשפט כורעת תחת נטל ההתדיינויות בעניינים של הגירה ומעמד. הסיבה לכך היא אינספור החלטות שרירותיות או בלתי חוקיות, כמו גם ביורוקרטיה בלתי נסבלת. בתי המשפט, שהם נקודת האור היחידה ביחסן של הרשויות למהגרים ולמבקשי מעמד, מבקרים את משרדי הממשלה חדשות לבקרים על מדיניותם, על נהליהם ועל הפרת החוק. משרדי הממשלה, שקצו בכך, החליטו להקים לעצמם בית דין, שם הם ישפטו את עצמם."
