מחאה וחופש הביטוי הינן זכויות יסוד בדמוקרטיה ועלינו לכבד אותן, בדיוק כפי שעלינו לכבד החלטות בית המשפט". במכון מבהירים כי "מחאה הינה חוקית, כל עוד יש בה כדי להשפיע ולשכנע. היא פסולה כאשר היא כופה את רצונם של המוחים ומסכלת ביצוע של החלטה חוקית. על מנהיגי המחאה לשמור על גבולותיה ולוודא שאינה נגררת למחוזות אלימות או מנסה לסכל את החלטת בית המשפט".
עם ניסוח חוק ההסדרה הביע המכון הישראלי לדמוקרטיה התנגדות נחרצת להצעת החוק וקבע כי מדובר במהלך פסול שאף עלול לפורר את התשתית המשפטית של מפעל ההתיישבות ביהודה ושומרון, כפי שנקבעה על ידי בית המשפט העליון לאורך השנים. במכתב שנשלח לראש הממשלה ושרי הקואליציה, ציינו במכון כי חוק ההסדרה מהווה "מהלך העומד בסתירה בוטה לחוק הבינלאומי ולהתחייבויות של מדינת ישראל. הצעת החוק תנציח אפליה ותביא לפגיעה חמורה ובלתי חוקתית בזכות הקניין של התושבים הפלסטינים, ובמקביל תקבע בקהילה הבינ"ל את מעמדה של ישראל כמספחת את השטחים".