בהתאם לבדיקת רשות המים אשר נערכה סמוך לגילוי דבר זיהום אקוויפר החוף באזור חצור בדלק, ואשר ממצאיה התקבלו על-ידי משרד הביטחון, הזיהום נגרם כתוצאה מפעילות חיל האוויר בבסיס חצור, אשר נהגו בו נהלי ניקוז לקויים בכל הנוגע לטיפול בדלק מטוסים. נהלי ניקוז לקויים אלו גרמו לכך, שנפח הדלק הכולל שנוקז שלא כראוי בשדה התעופה הגיע לכ- 20,000 מ"ק, כי הדלק חלחל לעומק של 30-40 מטר והצטבר על פני מי התהום בצורת עדשה.
החלטת בג"ץ ניתנה בעקבות עתירה שהגישה עמותת 'אדם טבע ודין' ביולי 2008, לאחר שנודע כי זיהום הקרקע והמים באקוויפר החוף באזור חצור על ידי צה"ל, גרם לכך שדלק הגיע למי השתייה של תושבי האזור וגרם לסגירת מספר בארות שתייה. בנספחים שצורפו לעתירה, אף ניתן למצוא מכתב פנימי של צה"ל משנת 1999 ביחס לתלונות של חיילים על ריח דלק במי השתייה בבסיס. במכתב שכותרתו 'תלונות על ריח דלק במי השתייה..' כתב ראש מדור רפואה מונעת בצה"ל: "בסוף חודש יולי התקבלו תלונות ממס' גפים על ריח של דלק במי השתייה. ...בו ביום הופסקה שאיבת מים מקידוח ברקה 3 ע"י מקורות-התלונות פסקו".
עו"ד נעמה אלעד מ'אדם טבע ודין': "החלטת בג"ץ אשר קובעת כי על משרד הביטחון לטפל בזיהום הינה חד-משמעית. אין ספק כי זיהום מים חמור שנגרם על ידי משרד הביטחון לפני למעלה מ-20 שנה, ואינו מטופל, מלמד הן על התנהלות של משרד הביטחון כאחרון המזהמים והן על חולשת הרשויות האמורות לשמור על מקורות המים במדינה לטובת הציבור - רשות המים והמשרד להגנת הסביבה - אשר לא פעלו בעצמן במשך כל השנים בהם דבר הזיהום ידוע. התנהלותו של משרד הביטחון במקרה זה הינה כשל גוף העומד מעל חוקי מדינת ישראל. צר לי שהיינו צריכים להגיע עד לבית המשפט העליון על מנת לחייב את משרד הביטחון לפעול בהתאם לאחריות הבסיסית שלו כגורם מזהם".
