מדורות ל"ג בעומר גורמות לעלייה חדה ברמות זיהום האוויר. בתהליך השריפה נפלטים לאוויר ריכוזים גבוהים של חלקיקים נשימים, המסוכנים ביותר לבריאות האדם, וכן כמויות גדולות של פחמן דו חמצני, הגורם להתחממות כדור הארץ.
מחקרים מראים, כי ישנה עלייה בשכיחות הפונים לחדר מיון בסמיכות להחמרה הזמנית באיכות האוויר עקב מדורות ל"ג בעומר. הריכוזים הגבוהים של חלקיקים נשימים וחלקיקי שריפה, גרמו לעלייה חדה בתחלואה של דרכי הנשימה בקרב חולי אסטמה וחולים במחלות כרוניות חסימתיות של דרכי הנשימה.
המלצות המשרד להגנת הסביבה לצמצום הנזק הבריאותי והסביבתי: בבחירת האתר להדלקת המדורה הקפידו על שטח נקי וחשוף: אין להדליק מדורה ביער, מתחת לעצים ולא סמוךלשדה קוצים העלול להתלקח. יש לשמור על מרחק בטחון משטח בנוי. מומלץ לחגוג בחברותא כדי ל"חסוך" זיהום אוויר. מדורות קטנות ולא גדולות.
אין להשליך למדורה חומרי פלסטיק וניילונים. יש להימנע מלזרוק למדורה כוסות, צלחות וסכו"ם חד פעמי מפלסטיק וכלים מקלקר. שריפתם של חומרים אלה גורמת לפליטה של חומרים מסרטנים ומלווה בריחות רעים. אין לשרוף חלקי רהיטים העשויים מתחליפי עץ מלא כמו מלמין, M.D.F ופורמייקה.
יש להימנע מתחליפי עץ מאחר ותהליך ייצורם כולל ערבוב עם דבקים שונים הפולטים לאוויר בעת שריפתם חלקיקים המכילים חומרים מסוכנים ומלווה בריחות רעים. אין להשליך למדורה עצים צבועים בצבע או בלכה, או לוחות אסבסט ומוצרים המכילים אסבסט כגון: חלקי גגות, אדניות, מיכלי מים וצינורות. שריפה של מוצרים אלו גורמת לשחרור סיבי אסבסט מסרטנים לאוויר.
מומלץ לא לשבת קרוב למדורה ולא בכוון שאליו פונה העשן, כדי להמנע משאיפה מיותרת של מזהמים. לחוגגים בחוף הים: ניתן להבעיר אך ורק בתוך כלי קיבול, כגון חצי חבית או כל מיכל מתאים אחר. יש לדאוג לכיבוי מוחלט עם סיום המדורה ולהעבירה למיכל אשפה. יש להשאיר חוף נקי. בסיום המדורה משאירים את השטח נקי. אוספים את כל השאריות משטח המדורה לתוך שקיות אשפה ומעבירים אותן למכולות האשפה הסמוכות.
