בעקבות הממצאים אשר הצביעו על כיוון של פח"ע , הוקם צוות חקירה משותף שכלל את יחידת ימ"ר נגב , חוליית הפח"ע של המחוז הדרומי ושירות הביטחון הכללי שפתחו בחקירה של האירוע וניסיון לעלות על עקבותיהם של המבצעים .
בתאריך 28/4/10 בעקבות התפתחות בחקירה , נעצר הנאשם והועבר לחקירה . בחקירתו הודה במעשה וקשר את שותפיו למעשה . בנוסף לנאשם זה נעצרו גם 3 קטינים אשר מואשמים אף הם במעשה ובוגר אשר לו יחסו החוקרים חשד של אי מניעת פשע .
במהלכה של החקירה הוברר כי הרקע למעשה הוא סכסוך הקיים בין משפחתו של הנאשם לבין מנהל מקרקעי ישראל בשאלת הבעלות על אדמת " אל עראקיב " .
תחילה , תכנן הנאשם לפגוע ולהצית טרקטורים ששיכים למנהל , אך לאחר שבני משפחתו שמעו על כוונתו הם דרשו ממנו לא לעשות זאת . במקום זאת , חבר הנאשם לקטינים וביחד , תוך שהם מכינים מבעוד מועד את בקבוקי התבערה , הגיעו סמוך לשעת חצות לכביש 40 , ויידו את הבקת"ב על רכבים חולפים מתוך כוונה לפגוע בהם .
ביום שישי הגישה כאמור פרקליטות מחוז הדרום כתב אישום בבית המשפט המחוזי כנגד הנאשם וכנגד 3 שותפיו הקטינים .
