אולם בעוד יחס זה נותר - במידה רבה - ללא שינוי הן כלפי הנתינים האירופאים בכלל במושבות האחרות שיפן כבשה והן כלפי האוכלוסייה היהודית בפרט, כולל אוכלוסייה יהודית גדולה בשנחאי, לאורך שנות המלחמה, יהדות אינדונזיה הייתה יוצאת מהכלל בכך שהיחס אליה השתנה עם המשך המלחמה לשלילה: היהודים האירופאים הופרדו מיתר האירופאים למחנות מעצר נפרדים אליהם הצטרפו גם היהודים הבגדאדים יחד עם יהודי גרמניה ואיטליה.
לדבריו של פרופ' קובנר, שינוי היחס נבע משילוב של מספר אלמנטים שהיו ייחודים ליהדות אינדונזיה בלבד והם אלה שגרמו לסבל הרב של אוכלוסייה זו. כפי שמציעים גם חוקרים אחרים, אין ספק כי לחץ גרמני להרעת התנאים של היהודים היה גורם משמעותי, אולם הסבר זה בלבד לא מסביר מדוע השינוי חל לרעה רק באינדונזיה. "אינדונזיה הייתה עשירה במחצבי טבע ובעיקר בגומי גולמי שהיה חשוב לגרמנים לצרכי המלחמה. הסכמי סחר חשובים שנחתמו בין יפן לגרמניה התמקדו בעיקר בגומי האינדונזי בתמורה לטכנולוגיה צבאית גרמנית. הסכמי סחר אלה, ובעיקר האישיות של הנציג הגרמני שהיה אחראי על חתימת ההסכמים, נתנה תשומת לב גדולה לאינדונזיה ולכן גם ללחץ גרמני כבד יותר על השלטונות היפאנים לפגוע באוכלוסייה היהודית", ציין.
אולם לדבריו, הסבר זה אינו מספק מכיוון שהוא לבדו לא יכול להסביר את הכניעה היפאנית לדרישות הגרמנים בתחום תורת הגזע, כניעה של התקיימה בשום מקום אחר שתחת שלטון יפן. בנקודה זו נכנסים מספר מאפיינים אינדונזיים-יפנים שהפכו את "הכניעה ללחץ" לקלה יותר. מאפיין אחד היה נעוץ בנציגים היפנים באינדונזיה: חלק ניכר מהם הגיעו עם "מטען" אנטישמי מהשירות שלהם במנצ'וריה ולכן היה להם קל יותר לקבל את הדרישה הגרמנית. לכך יש לצרף את העובדה כי מספרם וכוחם של יהודי אינדונזיה היה קטן יחסית - היפנים, שכאמור לא האמינו בתורת הגזע הגרמנית פחדו מפגיעה קשה מידי ביהודים מחשש לתגובה קשה של יהודי העולם שתשפיע בעיקר בצד הכלכלי. במקרה האינדונזי, כאמור, לא היה חשש שהם יעניינו את יהודי העולם.
הסיבה האחרונה, שמשתלבת במארג הסיבות שהביאו לטרגדיה של יהדות אינדונזיה, מוכרת במידת מה מאזורים אחרים. החשיבות הכלכלית של אינדונזיה יחד עם התמשכות המלחמה הביאה למשבר כלכלי קשה. כחלק מהניסיון היפני להשאיר את התושבים המקומיים מרוצים ככל האפשר נמצא שעיר לעזאזל: היהודי. העובדה כי מרבית האוכלוסייה המקומית היא מוסלמית הקלה על הפצת האנטישמיות והתגייסות במאבק נגד "האוייב" היהודי המשותף.
"השילוב הייחודי של סיבות אלה גרם למצב שבו יהדות אינדונזיה סבלה ברמה קשה הרבה יותר לעומת יתר המיעוטים תחת הכיבוש היפני, כולל יהודים מאזורים אחרים. לא היה מדובר בחלק מאידיאולוגיה יפנית או מדיניות מתוכננת, בניגוד לתורת הגזע הגרמנית, אלא שהתוצאה עצמה הייתה הרת אסון לקהילה היהודית", סיכם פרופ' קובנר.
הכנס: "סופה של קהילה יהודית-אסיאנית: יהודי אינדונזיה בתקופת הכיבוש היפני וסיום הקולוניאליזם ההולנדי" יתקיים באוניברסיטת חיפה בתאריכים 26-27.12 (ימים א' ו-ב'). זהו הכנס האקדמי הראשון שדן בגורלה של קהילה זו ובחלק מהפנאלים יציגו ניצולים של מחנות הריכוז היפנים את סיפורם בפעם הראשונה.
