החל מחודש אוגוסט 2012 ועד לחודש נובמבר 2013, נוהלה חקירה משטרתית כנגד הרב יאשיהו פינטו ורעייתו בחדש לביצוען של עבירות פליליות. לאחר בחינת התשתית הראייתית, מסרה פרקליטות המדינה לבאי כוחו של הרב פינטו ורעייתו הודעה לפיה נשקלת האפשרות להגיש נגדם כתב אישום בהתאם לחשדות אשר פורטו בהודעה האמורה.
סמוך למשלוח כתב החשדות, יצרו קשר עם הפרקליטות באי כוחו של הרב פינטו, וטענו כי בידיו מידע המבסס חשד כי קצין משטרה בכיר, ניצב מנשה ארביב, היה מעורב בעבירות חמורות שעניינן טוהר המידות. עוד מסרו באי כוחו של פינטו, כי בידם ראיות חיצוניות התומכות במידע האמור.נוכח מידע חדש זה, התגבש הסכם מקל ביותר בין הפרקליטות, ועל דעת היועץ המשפטי לממשלה, לבין באי כוחו של הרב פינטו במסגרתו הסכימה מדינת ישראל על עונש מרבי של שנת מאסר בלבד, וכן על המנעות מהגשת כתב אישום כנגד רעייתו של פינטו.
הסדר טיעון זה נתקף בעתירת התנועה לאיכות השלטון שם טענה התנועה כי הסדר הטיעון עומד בסתירה להנחיות היועמ"ש ופוגע קשה באינטרס הציבורי, בשלטון החוק ובאמון הציבור ברשויות, וכן כי אינו סביר באופן קיצוני.
קו ההגנה בו נקטה המדינה לאורך כל ניהול העתירה, נסב סביב חשיבות מיצויו של הליך בירור החשדות כלפי קצין משטרה בכיר אשר מעל ראשו מרחפת עננה בדמות חשד סביר לביצע לכאורה של עבירות מתחום טוהר המידות. פרק שלם הוקדש לחשיבותו הרבה של הליך זה, בו עלה החשד שמא קצין משטרה בכיר סטה מן השורה "לשחיתות בגוף האמון על אכיפת החוק". היותו שוטר בכיר, להבדיל מזוטר, אף הוסיפה וחזקה את הצורך שבקבלת אותן ראיות שהיה אמור לספק פינטו בתמורה להסדר המקל שהוענק לו.
גם בדיונים שהתקיימו הוסיפו באי כוחה של המדינה להגן על ההסדר המקל תוך הדגשת הצורך בהליך ניקוי האורוות ביחידה המובחרת, ולהצדיק את ההקלות הרבות אשר הוענקו, באופן חריג ביותר, לרב פינטו, בקיומו של הליך חשוב זה.
בהודעת התנועה לאיכות השלטון נאמר: " עד כה פנתה התנועה ליועמ"ש ולפרקליט המדינה 3 פעמים בבקשה כי יעדכנו האם אכן הושלם הליך הבירור, והאם אכן העביר הרב פינטו את המידע אשר התחייב להעביר, אך אלו בחרו שלא להשיב.
נוכח כך, מסיקה התנועה כי המידע לא הועבר וכי הרב פינטו הפר את תנאי הסכם הטיעון החריג והמקל מלכתחילה, וכי ניצב ארביב לא נחקר עד כה על אף אמירותיה המובהקות של הפרקליטות לאורך כל ניהול ההליך.
על כן, נוכח הפרה משתמעת זו של תנאי ההסדר, קוראת התנועה לנקוט בהליכים המתבקשים נוכח ההפרה, כנגד הרב פינטו, ולמנוע כל אפשרות לשחרור מוקדם, ככל שאפשרות זו עומדת על הפרק כעת."
