על פי המחקר של NGO Monitor, בין השנים 2012-2015, 78% מתקציב הארגון הגיע מממשלות זרות באופן ישיר ועקיף, לרבות מהאיחוד האירופי, משוויץ, מדנמרק, מהולנד, מאירלנד, משוודיה, מצרפת ומספרד. סכומים נוספים הגיעו מקרנות פרטיות בארצות הברית דוגמת הקרן החדשה לישראל וקרן החברה הפתוחה של ג'ורג' סורוס.
NGO Monitor מציין כי בניגוד לטענות שוברים שתיקה שפעילותם "אינה משקפת את עמדת התורמים", התורמים הם הנושאים באחריות, משפיעים ומושפעים מפעילות הארגון. במקרים מסוימים, הקשר בין התורם לארגון רלוונטי מתמיד: מחקר של NGO Monitor חשף כי לאחר מבצע עופרת יצוקה (2009), תורמים ממשלתיים לארגון התנו את מתן התרומה במכסת מינימלית של 90 עדויות שליליות על פעילות צה"ל.
"תרומות בהיקף נרחב מממשלות אירופה אפשרו לפעילי ארגון שוברים שתיקה ליישם את האג'נדה הקיצונית שלהם, כולל איסוף מידע בטחוני רגיש, ללא קשר לדיון על מוסר וזכויות אדם", ציין פרופסור ג'ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor.
לדבריו, "כל פעילויות הארגון, שבחלקן כוללת קמפיינים המאשימים את חיילי צה"ל בפשעי מלחמה ואיסוף מידע בטחוני רגיש, התאפשרו באמצעות תמיכה כלכלית של ממשלות זרות. הגילויים החדשים מדגישים את הצורך לשקיפות ובדיקה עצמאית מצד ממשלות אלה, ללא תירוצים שסופקו עד היום. נדרש גם אימוץ של קווים מנחים לגבי מימון לארגונים פוליטיים המלבים את הסכסוך הערבי-ישראלי".
מכון המחקר NGO Monitor הציג טיוטה לקווים מנחים משותפים למדינת ישראל וממשלות אירופה על מנת למנוע ניצול של כספי התרומות, כמו במקרה של שוברים שתיקה.
"אני מדגיש שנית, קיים צורך דחוף מצד ממשלות אירופה והפרלמנטים לבחון מחדש את הליכי המימון, לנהוג לפי עקרונות נאותים, ולהבטיח שהקבוצות הנתמכות פועלות בהתאם לאמות מידה מוסריות בסיסיות", סיכם פרופסור שטיינברג.
שרת המשפטים, איילת שקד, הגיבה לפרסום בערוץ 2 על תחקיר שוברים שתיקה: "חמור ביותר שארגון נוטל לעצמו סמכויות איסוף מודיעין טקטי על פעילות מבצעית של יחידות צה"ל השונות, וכל זאת תוך ניצול חיילים על ידי שאלות המוצגות כתמימות. ברור לכל רואה ושומע כי מי שאוסף מידע מסוג זה וטוען שעושה זאת למען זכויות אדם - משקר. מי שאוסף מידע מסוג זה מנסה לפגוע במדינתו באמצעים לא כשרים, באופן שיכול אפילו להזכיר פעולות ריגול. אני סמוכה ובטוחה כי רשויות האכיפה יבחנו את המשמעויות של הדברים שהוצגו אמש בתחקיר ויבדקו האם יש היבטים פליליים בפעילותה של העמותה, וכן יבצעו חקירת עומק באשר לגישה לחומרים רגישים אלו".
