מדבריה של השופטת נאור, שדיברה גם בשם עמיתיה השופטים חיות והנדל, השתמעה בבירור עמדת בית המשפט כי מרגע שהחליטה הממשלה להפוך את ועדת טירקל לוועדת חקירה ממשלתית, היא אינה יכולה למנוע מהוועדה לחקור את כל מי שהיא חושבת שחקירתו נדרשת לבירור הנושאים שניתנו לסמכותה, אנשי צבא או אזרחים.
אורי אבנרי, אחד מהחתומים על העתירה מטעם גוש שלום, אמר כי הוא רואה בהחלטה ניצחון גדול. "לראשונה נקבע כי בית המשפט העליון יכול להתערב בהחלטות ממשלה לגבי ועדות חקירה, בעוד שעד היום ביהמ"ש נמנע מכך. כמו כן, נבלם הניסיון המסוכן להפוך את הצבא למובלעת החסינה מפני ביקורת חיצונית".
עו"ד גבי לסקי, שהכינה את העתירה, ציינה כי "הנושא שהועמד לחקירתה של הוועדה, כלומר – האם ההשתלטות על ספינת המשט לעזה עמדה בדרישות החוק הבינלאומי, כלל וכלל אינה ניתנת לבירור בלי לחקור אנשי צבא. יש לבדוק מה היה המודיעין שעמד לרשות הצבא בתכנון הפעולה, מה היה הידע על נוכחות אזרחים על הספינות, ומה היו ההנחיות שניתנו לחיילים כיצד לנהוג באזרחים אלה. זאת, כדי לוודא האם פעולת ההשתלטות עמדה בדרישות אמנת רומא, הקובעת את המשפט הבינלאומי הפלילי על פשעי מלחמה, וכן אמנות אחרות של החוק הבינלאומי הנוגעות להתנהגות בלב ים. לשם כל המטרות האלה חייבת הוועדה לזמן את מפקד חיל הים, את קציני המודיעין של חיל הים ואת הקצינים שפיקדו על הפעולה".
לדברי אורי אבנרי, "לאור החלטת בג"ץ, סביר שלממשלה לא תהיה ברירה אלא לאפשר הזמנת קצינים להעיד בפני הוועדה, שאם לא כן יחזור העניין לבג"ץ. לאור עמדתם הברורה של השופטים היום, אין ספק שהם יחייבו את הממשלה לעשות זאת".
