הממשלה הודיעה לבג"צ כי החליטה לדחות את יישום החלטה עד ה-1.11. על רקע זה קבע שופט בית המשפט העליון אליקים רובינשטיין כי הממשלה תשיב לעתירות עד ה-18.10. בא כוחם של חדו"ש והפורום לשוויון בנטל, עו"ד יהושע שופמן, כותב בעתירה שהגישו כי ה"החלטה 'התקבלה' תוך הפרה חמורה של כל כללי היסוד של המשפט המנהלי המסדירים את הדרך החוקית לקבלת החלטות". לכן, לדבריו, "קשה לכנותה 'החלטת ממשלה'". עוד הוא טוען כי "ההחלטה בלתי חוקית, עומדת בניגוד לחוק טל, לפסק דין של בג"צ ולעיקרון השוויון ולכן יש להכריז עליה כבטלה".
העתירה, שהגיש שופמן, מתבססת על ארבעה טיעונים עיקריים: ההחלטה התקבלה בהליך בלתי חוקי ולכן דינה להיפסל. ההחלטה נדונה והתקבלה יחד עם יותר ממאה הצעות אחרות ביניהן הצעות העוסקות בהגברת הפיקוח בענף הספנות, מתן מרשם על ידי רוקח ומערכת ליווי האסירים. לא נמסרו לשרים נתונים הנוגעים להחלטה, לא נמסרו השיקולים הרלבנטיים, לא הוצגו חלופות. היא הובאה כחלק מדיוני התקציב כהיבט שולי, לא התקיים דיון נפרד ולא התקיימה הצבעה נפרדת אלא הצבעה על כל התוכנית כמקשה אחת.
ההחלטה סותרת את חוק טל. חוק טל התכוון להעניק לשר הביטחון את שיקול הדעת, האם לגייס תלמיד ישיבה המעוניין להפסיק את לימודיו או לאפשר לו לעשות שירות אזרחי. אם הממשלה מבקשת לבטל את שיקול הדעת הזה, עליה לעשות זאת בחקיקה ראשית. כיוון שההחלטה המנהלית של הממשלה עומדת בניגוד לחקיקה ראשית, "דינה להיפסל".
ההחלטה עומדת בסתירה לפסק דין של בג"צ (הלכת רובינשטיין). ב-1997 קבע בג"צ כי לשר הביטחון אין סמכות להעניק דחיית שירות גורפת לכל תלמידי הישיבות. השופטים הורו כי להחלטה כה מהותית חיוני חוק של הכנסת. החלטת הממשלה עוקפת את סמכות הכנסת ומעניקה פטור גורף לבחורי הישיבות בהליך מנהלי, למרות פסיקת בית המשפט.
ההחלטה פוגעת שלא כדין בזכות החוקתית לשוויון. חוק טל פוגע ממילא בשוויון בנשיאה בנטל השירות הצבאי. ההחלטה מחמירה פגיעה זאת.
