מי שחשב שמשרד הפנים אמור לעסוק בתכנון, רשויות מקומיות ומנהל אוכלוסין התבדה. כחלק מההסכם הקואליציוני של ש"ס לקראת תקציב המדינה הבא הוחלט שלמשרד הפנים יהיה "תקציב ישיבות" משלו בסך 30 מיליון שקל. התקציב הזה יקרא תקציב קריות החינוך, והוא ייועד בעיקר למוסדות חינוך חרדיים ודתיים גדולים במיוחד. משרד הפנים יהפוך בכך למשרד השלישי שיממן תקציבים לישיבות (אחרי החינוך והרווחה)
תקציב קריות החינוך במשרד הפנים הונהג לראשונה בשנות ה-90. ב-1998 וב-1999 חולקו במסגרת התקציב 12.5 מיליון שקלים לשנה. התקציב יועד למוסדות חינוך חרדיים ודתיים עם מספר תלמידים גדול במיוחד, 500 תלמידים ויותר. זאת, למטרת מימון הוצאות של המוסדות להקמת מבנים ותשתיות.
בניגוד לחוק סרב משרד הפנים במהלך שנות ה-90 לפרסם את רשימת ההקצבות לקריות חינוך. ב-1999 עשה זאת לראשונה בעקבות עתירה לבג"צ של האגודה לזכויות האזרח. אז התברר שישיבת היוקרה הליטאית פוניבז' קיבלה יותר מחצי מיליון שקלים לשנה. ישיבת חברון, בה למדו כמה ממנהיגי ש"ס, קיבלה 300 אלף. כפר הנוער שדה חמד המקורב לדגל התורה קיבל 700 אלף שקלים. מתוך 30 מוסדות שקיבלו כספים, רק אחד היה חילוני.
דו"ח של מבקר המדינה שפורסם ב-2001, חשף את העובדה שתקציב קריות החינוך חולק במשך מספר שנים בניגוד לחוק. משרד הפנים הסתיר את הקריטריונים האמיתיים לחלוקה, כדי לחסום אפשרות שמוסדות חילונים יקבלו כספים. בחלוקת הכספים לכמה מוסדות התגלו תופעות קשות של שחיתות ותשלום עבור תלמידים פיקטיוויים.
התקציב בוטל בראשית העשור לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה אסר על כפל תמיכות לאותה מטרה ממשרדים שונים. עכשיו, מקים אותו משרד הפנים, בראשות השר אלי ישי, לתחייה ואף מכפיל אותו פי 2.5. ניסיונות קודמים של ש"ס לחידוש התקציב נתקלו בבעיות חוקיות. קשה להבין איך וכיצד נפתרה בעיה סבוכה זו, ואיך קרה הדבר דווקא כאשר ש"ס חזרה למשרד.
מנכ"ל עמותת חדו"ש לחופש דת ושוויון, הרב עו"ד אורי רגב אמר בתגובה ש"נראה שהמפלגות החרדיות מבקשות לחזור לימים השחורים שבהן היה להן תקציב ישיבות בכל משרד שתחת השפעתן. ישראל כבר מממנת באמצעות משרד החינוך מספר דמיוני של יותר ממאה אלף תלמידי ישיבות ואברכים מעל גיל 18. צריך לקצץ את תקציב הישיבות ההרסני, המונע יציאת גברים חרדים לעבודה. יש לומר לא ליצור תקציבי ישיבות חדשים, שהצידוק היחיד שלהם הוא פוליטי".
לדברי רגב, "אין גבול לציניות של ממשלת נתניהו - שטייניץ ולנכונות שלהם למכור את קופת הציבור למפלגות החרדיות. ביד אחת הממשלה הזאת מבטלת את הפטור מגיוס לבחורי הישיבות כאילו כדי להוציא אותם לעבודה. ביד שנייה היא יוצרת תקציב ישיבות חדש שישפוך עוד שמן על מדורת ההשתמטות מצבא ומעבודה".
