הלשכה העלתה את הנושא בפורומים שונים, וכן נקבעו דיונים עם בכירי משרד הפנים, לטיפול בנושא. לדברי הלשכה, אי קביעת תקציב המבקר מותירה אותו תלוי בחסדי ראש הרשות במקומית.
עורך הדין מרדכי שנבל, נשיא לשכת המבקרים הפנימיים בישראל, אמר כי חוזרי המנכ"ל פוגעים בעיקרון אי התלות כאשר הם מאפשרים לרשות המקומית לקבוע בעצמה את שכרו ואת תקציבו של מבקר הרשות וכן מאפשרת לה גם לפטרו באמצעות אי חידוש חוזה העסקתו.
בכך,טוען שנבל מונעים ממבקר הפנים ברשות המקומית לבצע את עבודתו כנדרש. לדבריו, "לשכת המבקרים הפנימיים בישראל רואה בחומרה את הפגיעה בעיקרון אי התלות שנגרמת מהוראות חוזר המנכ"ל ויצאה למאבק חסר פשרות לשינויו".
באחרונה, ערכה לשכת המבקרים הפנימיים בלוד יום עיון של חוג המבקרים הפנימיים ברשויות המקומיות, ובמסגרתו התקיים שולחן עגול שהונחה על ידי מר משה מימון, סגן נשיא לשכת המבקרים הפנימיים בישראל, יושב ראש חוג המבקרים ברשויות המקומיות ומבקר עיריית לוד.
השולחן העגול עסק בנושא אי תלות המבקר הפנימי ברשות המקומית, ובמהלכו פרץ וויכוח סוער בין המבקרים הפנימיים לבין מר ישראל שפיצר, מנהל אגף כוח אדם ושכר במשרד הפנים, המבקרים הפנימיים העלו בפני מר שפיצר דוגמאות רבות לפגיעה בעיקרון אי התלות כתוצאה משני חוזרי המנכ"ל של משרד הפנים (1/11 ו- 4/11) בקשר לשתי סוגיות מרכזיות:
א. האפשרות שניתנה לרשות המקומית להגדיל את שכרו של המבקר מותירה את המבקר תלוי בחסדי ראש הרשות המקומית ועל כן פוגעת באי תלותו. הלשכה סבורה כי על שכר המבקר להיות קבוע, והשינויים בו יבוצעו באמצעות מנגנון שיקבע בחוזר או בתקנות של שר הפנים ללא יכולת השפעה של הרשות המקומית.
ב. החוזר קובע כי תוקף החוזה האישי של המבקר הפנימי מוגבל לחמש שנים. עד כניסת החוזר לתוקף, העסקת המבקר הייתה עד פרישתו מרצון, או בגיל הפרישה, או לאחר הליך פיטורין הקבוע בפקודת העיריות ברוב של 75% מחברי המועצה. עם כניסת החוזר לתוקף, חידוש חוזה המבקר בתום חמש שנים יושפע ממידת שביעות רצון הרשות מעבודת המבקר. מידת שביעות הרצון עלולה להיות מושפעת מנושא הביקורת שקבע המבקר, חומרת הממצאים ודרך הצגתם ולא מאיכות עבודת הביקורת. החשש מפגיעה בשביעות רצון הגורמים המאשרים את הארכת חוזהו, עלול לפגוע באי תלותו של המבקר.
