לשכת המבקרים הפנימיים מתריעה מפני אפשרות פגיעה בעקרון אי התלות של מבקרי הפנים ברשויות המקומיות, כתוצאה מהוראות שני חוזרי מנכ"ל משרד הפנים מהתקופה האחרונה, ואי קביעת תקנות בנושא הביקורת הפנימית ברשויות על ידי שר הפנים
