הוראת המשרדים קובעת, בין היתר, את אופן ניהול המחקר היישומי והתשתית המשפטית למסחורו, אופן השמירה על נכסי הקניין הרוחני כנכסי מדינה, כללי בקרה ודיווח כספי של מחקרים יישומיים וכן כללים לחלוקת התמורות שיתקבלו ממסחור תוצרי הידע המופקים במערכת הבריאות הממשלתית.
פרסום ההוראה התאפשר לאחר עבודה שנמשכה כארבע שנים, כאשר בשנתיים האחרונות הוביל החשב הכללי את המהלך והאיץ את קידומו בשיתוף עם מנכ"ל משרד הבריאות ומנהלי בתי החולים הממשלתיים, תוך קיום דיונים אינטנסיביים עם כל הנוגעים בדבר על מנת להגיע להוראה המוסכמת על כל הצדדים אשר מגינה על נכסי המדינה מצד אחד ומעודדת את המחקר מצד שני.
בתי החולים הממשלתיים, המתקשים כיום לפעול ליישום מסחרי של תוצרי הידע ולמימוש הפוטנציאל הגלום בהם, יוכלו לראשונה בעקבות פרסום ההוראה, למסחר את הקניין הרוחני הקיים בבתי החולים, לקדם ביצוע מחקרים נוספים בעלי פוטנציאל מסחור ולתרום לכלל הפעילות במשק הישראלי.
ההוראה יוצרת הפרדה בין הפעילות הרפואית של בית החולים לבין המחקר היישומי. לצורך כך נקבע כי המחקר בבתי החולים הממשלתיים יעשה באמצעות תאגיד הבריאות וכי תתקיים הפרדה רישומית וחשבונאית בין המחקר היישומי לבין הפעילות הרגילה של התאגיד ובית החולים.
ההוראה קובעת את חלוקת התמלוגים ממסחור הידע בין החוקר, בית החולים, התאגיד והמדינה, וכן מסדירה את אופן מסחור תוצרי הידע בבתי החולים הממשלתיים. על פי ההוראה צוות המחקר יזכה ל- 35% מהתמורות שיתקבלו ממסחור תוצרי הידע, 55% יועברו לבית החולים ולתאגיד הבריאות שלצידו והיתרה ,10% , תחולק בין המדען הראשי של משרד הבריאות והכנסות המדינה.
ההוראה מסדירה גם את כללי הדיווח של העובדים במערכת הבריאות על תוצרי הידע הצומחים במערכת וקובעת סנקציות לגבי עובדים שלא דיווחו בהתאם לכללים.
ההוראה נחתמה ע"י החשב הכללי, שוקי אורן, הממונה על השכר, אילן לוין, מנכ"ל משרד הבריאות, ד"ר רוני גמזו ונציב שירות המדינה, שמואל הולנדר. הכללים בהוראה גובשו ע"י צוות בינמשרדי שמינה החשב הכללי להסדרת תחום הקניין הרוחני במשרדי הממשלה בראשות סגן בכיר לחשב הכללי, רו"ח יריב נחמה ובהשתתפות נציגי הממונה על השכר, נציבות שירות המדינה, אגף התקציבים במשרד האוצר, וכן נציגים ממשרדי הבריאות והמשפטים. את ההיבט המשפטי של עבודת הצוות ריכז היועץ המשפטי של משרד האוצר, יואל בריס.
החשב הכללי, שוקי אורן, הבהיר כי "זו הפעם הראשונה שיש הוראה המסדירה את ניהול הקנין הרוחני בבתי החולים. ההוראה נחתמה לאחר עבודה מאומצת וממושכת שהשקענו בנושא. בשנתיים האחרונות קיימנו דיונים אינטנסיביים ביחד עם מנכ"ל משרד הבריאות ומנהלי בתי החולים הממשלתיים, על מנת להגיע להוראה המוסכמת על כל הצדדים. ההוראה שנחתמה בסופו של דבר מבטאת את האיזון שבין השמירה על נכסי המדינה לבין עידוד המחקר היישומי ומיצוי הפוטנציאל הגלום בקניין הרוחני, וזאת לטובת מערכת הבריאות והמשק כולו".
רו"ח יריב נחמה, שעמד בראש הצוות הבינמשרדי, כאמור, ציין כי "מיצוי פוטנציאל הקנין הרוחני במערכת הבריאות באמצעות הסדרת כללים ברורים עשוי לשמש מנוע צמיחה למשק הישראלי. ההוראה יוצרת מנגנון לניצול יעיל וכלכלי של פירות תוצרי הידע המופקים במערכת הבריאות. נחמה הדגיש כי עיקר התמורות שיתקבלו ממסחור תוצרי הידע יוחזרו לבית החולים ולתאגיד שלצידו.
מנכ"ל משרד הבריאות, ד"ר רוני גמזו, אמר כי "קיימת חשיבות רבה להסדרת הנושא, הן לבתי החולים והן לחוקרים. משרד הבריאות ימשיך בפעולותיו לחיזוק המחקר הבסיסי והיישומי. ההוראה מבססת את זכויותיהם של העוסקים במלאכה ומגדילה את האפשרות למשאבים באמצעות המדען הראשי של משרד הבריאות".
במקביל לגיבוש הכללים לניהול ומסחור הקניין הרוחני, פועל החשב הכללי בתקופה האחרונה, בשיתוף עם פרקליטות המדינה, היחידה לתביעות במיקור חוץ, לאכיפת זכויות המדינה בקניין הרוחני. במסגרת זו, נערכה בדיקה מקיפה של מקרים בהם נרשמו פטנטים השייכים למדינה על שם עובדי מדינה וננקטו צעדים לטיפול ומיגור תופעה זו. כך למשל, הוגשה תביעה כנגד חברת אומריקס בגובה של 500 מליון ש"ח בגין המצאת הדבק הביולוגי. במקרה אחר הושג הסדר מול חברה במסגרתו קיבלה המדינה עשרות מיליוני ₪ בגין חלקה של המדינה בקניין הרוחני. כמו כן מתנהלים מגעים לגיבוש הסדרים במקרים אחרים ולא מן הנמנע כי ככל שיידרש יוגשו תביעות נוספות גם כנגד עובדים.
