לדברי כץ הפעימה השנייה תקיף את כל קווי התחבורה הציבורית שבלב מטרופולין דן והיא תכלול את תל אביב – יפו, רמת גן, גבעתיים, בני ברק, חולון, אזור ובת ים. מדובר ב- 51 קווים חדשים שיחליפו 70 קווים קיימים. קווים אלה מהווים כ- 50% מנפח הפעילות של התחבורה הציבורית במטרופולין דן.
בכנס ראשי ערים במטרופולין שהתקיים היום (יום חמישי) בתל אביב אמר השר כץ כי הפעימה השנייה תלווה ברפורמה כוללת בתעריפים שתאפשר לנוסעים לבחור את מסלול הנסיעה בהתאם לצרכיהם ולשלם פעם אחת עבור הנסיעה גם אם יבצעו מעבר בין קווים וחברות תחבורה ציבורית. "במסגרת הרה- ארגון תבוצע רפורמה במבנה התעריפים בגוש דן, המיועדת ליצור תעריף אינטגרטיבי, פשוט וידידותי לנוסע, בדומה למקובל במטרופולינים רבים בעולם" אמר כץ.
בתגובה להחלטת השר כץ, אמרו היום בארגון הסטודנטים הסביבתי "מגמה ירוקה", הנאבק מזה זמן רב למען יישום הרפורמה, כי "אנו מברכים את השר כ"ץ על הצעד, שהנוסעים התקועים מזה זמן רב מצפים לו. אנו קוראים לשר כ"ץ לוודא את היישום של ההצהרה מכיוון ששמענו בשנים האחרונות הצהרות רבות בנושא ואנו מחכים לראות תוצאות בשטח."
בגוש דן מתבצעות כיום כמיליון נסיעות באוטובוסים, המהוות כמחצית מהנסיעות בתחבורה הציבורית בישראל. נסיעות אלה מבוצעות באמצעות 10 חברות תחבורה שונות, המפעילות 400 קווי שירות. לכל מפעיל יש מבנה ותעריף שונה דבר היוצר מערכת תעריפים מורכבת ומסורבלת, המקשה מאוד על הנוסע ואינה מאפשרת יצירה של מערכת אינטגרטיבית עם כרטיסי נסיעה משולבים.
במסגרת הרפורמה בתעריפים יופעל בגוש דן "כרטיס חכם" לכלל המפעילים ויונהגו שני תעריפי נסיעה בלבד, במקום מספר תעריפים כיום. תעריף נסיעה בין תל אביב לערים הסמוכות אליה יעלה 6.2 שקלים (במחירי 2010) ואילו תעריף בין תל אביב והערים המרוחקות יותר ממנה יעלה 9.5 שקלים בלבד, במקום 15.3 שקלים כיום.
הפעימה הראשונה שיישומה החל בחודש אוגוסט 2010 כללה שינויים ושיפורים בשישה קווים מרכזיים בתל אביב וגוש דן, תוך יצירת הסדרי העדפה בשני רחובות מרכזיים בתל אביב. מסקר שביעות רצון שבוצע במהלך חודש נובמבר השנה עולה כי 43% מהנוסעים ציינו כי הם מרוצים מהשינוי (מתוכם 21% מאוד מרוצים) 22% אינם מרוצים מהשינוי ו-35% אדישים.
תוכנית הרה- ארגון החדשה מציעה מערכת תחבורה ציבורית היררכית שמפרידה בין קווים ראשיים לקווים מקומיים. הקווים הראשיים נועדו לקשר בין הערים של המטרופולין ומשרתים בעיקר נסיעות ארוכות. קווים אלה מתוכננים לנסוע ברחובות ראשיים, במסלולים ישירים ובתדירויות גבוהות.
הקווים המקומיים משרתים בעיקר את השכונות ומקשרות אותן למערכת הראשית ולמרכזי פעילות העירוניים. בעוד שהשירות בקווים הראשיים יעשה בעיקר באמצעות אוטובוסים רגילים ומפרקיים, הקווים המקומיים יכללו סוגים שונים של כלי רכב ובכללם מיניבוסים מידיבוסים.
במסגרת הפעימה השנייה ישופרו תחנות אוטובוסים ויוחלפו תמרורים בכל הגוש המרכזי. בנוסף לכך יתווספו מפרצי חנייה חדשים לאוטובוסים ויוצבו שלטים אלקטרוניים, הכוללים מידע בזמן אמת על זמני ההגעה של האוטובוסים.
שר התחבורה ציין כי הפעימה השנייה נועדה לייעל ולשפר את השירות בתחבורה הציבורית, באמצעות תוספת תדירויות של אוטובוסים, לאורך כל שעות היום. כמו כן, זמני ההמתנה בתחנות ומשך הנסיעה באוטובוסים צפויים להתקצר באופן משמעותי, על ידי מתן העדפה לקווי התחבורה הציבורית. לדברי כץ המערכת החדשה פשוטה להתמצאות ולהבנה ותצמצם את החשיפה לרעש וזיהום האוויר.
יישום הפעימה השנייה ילווה במערך הסברה מקיף ופרטני עבור תושבי גוש דן בכלל ומשתמשי התחבורה הציבורית בפרט. מערך ההסברה יכלול מפגשים עם ועדי שכונות ותושבים, אתר אינטרנט יעודי, פרסום בעיתונות והצבת דיילים בתחנות ההסעה ובאוטובוסים שיחלקו עלוני הסברה לנוסעים.