לטענת החברה להגנת הטבע, אין צורך בגריעת השטח מהגן הלאומי, מאחר וטרם נקבע אם אכן יהיה צורך בדרך זו. בנוסף טוענת החברה להגנת הטבע כי ישנן דרכי יער קיימות שניתן להשתמש בהן ולא לפרוץ דרך חדשה. הגן הלאומי הרי יהודה מהווה מרחב פתוח המציע למבקר מגוון גדול במיוחד של ערכי טבע נדירים, תמונות נוף ייחודיות בהרי יהודה, שרידי מורשת היסטורית עתיקה ואפשרויות רבות ומאתגרות של טיולים עבור תושבי ישראל.
נציג החברה להגנת הטבע בדיון, "אברהם שקד">אברהם שקד , טען בדיון כי כביש גישה קבוע לנחל יתלה יגביר את הפגיעה ללא צורך וינציח את ההפרה והפגיעה הסביבתית, במיוחד זו האקולוגית, באופן חסר תקנה ובלתי ניתן לשיקום. נציגי מנהל התכנון והרכבת טענו כי הגריעה נחוצה לצרכי התכנון העתידי, אולם ייתכן כי בסופו של דבר לא יהיה צורך בדרך זו.
בסיכום הדיון החליטה הוועדה לאשר את הגריעה של הגן הלאומי, בכפוף לתנאים שהציבה גם מועצת גנים לאומיים באישורה את גריעת השטח: ייעשה כל מאמץ להכוונת הנגישות לעבודות הנדרשות בנחל יתלה באמצעות שימוש בדרכי יער קיימות, תיערך בחינה מחדש של הצורך בדרך כדרך חירום עם גורמי המקצוע, וכן אם בסופו של דבר לא יהיה צורך בביצוע הדרך- תקודם התוכנית להחזרת ייעוד השטח כגן לאומי.
לטענת החברה להגנת הטבע, לא היה צורך בגריעה מהגן הלאומי, עד שיתברר אם הדרך אכן נחוצה או לא. לדברי החברה להגנת הטבע, "כל גריעה מהגן הלאומי פוגעת בערכי הטבע והבילוי שבו. לאחר שגרעת מהשטח, גם אם לא תבוצע הדרך בסופו של דבר- מי יודע אם ומתי יחזור השטח הזה להיות גן לאומי. נחל יתלה לצערנו ייחרב בעקבות הקמת הגשר של הרכבת, והיום התאפשרה פגיעה נוספת, ומיותרת, בגן הלאומי, שהוא נכס ציבורי השייך לכלל תושבי ישראל".
דרך הגישה לנחל יתלה, העוברת בגן לאומי הרי יהודה, אמורה להוביל משער הגיא לנחל יתלה, אזור גשר 8 במסילת הרכבת החדשה לירושלים.
בעבר הוצגה הדרך כחיונית משני טעמים: ככביש גישה קבוע למטרות חירום וחילוץ אחרי הפעלת המסילה וכדרך זמנית לביצוע עבודות ההקמה של הגשר ופתחי המנהרות בנחל.
במהלך הזמן שחלף, לא הוצגו נתונים שהוכיחו את חיוניות הדרך. לעומת זאת הוצגו דרכי היער הקיימות כחלופה ישימה וזמינה לצרכים השונים.
המועצה הארצית לתכנון ובניה החליטה באוגוסט 2009 לאמץ את תוכנית המנהור של רכבת ישראל וחציית נחל יתלה בגשר, תוך שי פור התכנון ו"מזעור הנזקים" בנחל וסביבתו, בהתאם להמלצות ועדת הבדיקה של פרופ' סדן. אחת מהמלצות ועדת סדן הייתה צמצום משמעותי של פעילות בערוץ הנחל ע"י שי מוש בציר המסילה והמנהרות לצורכי ביצוע, ולמען הדיוק ללא צורך בפריצת דרך גישה כלשהי משער הגיא לנחל יתלה לצורך העבודות. יש לציין כי רכבת ישראל הצהירה כי היא תבצע את העבודות כפוף לכל המלצות צוות סדן.
החלטת המועצה הארצית לבצע את תוכנית הרכבת בנחל יתלה, משמעותה פגיעה נופית ואקולוגית קשה ביותר בנחל ובסביבתו. המלצות ועדת סדן לשיפור התכנון והביצוע לא ימנעו פגיעה זו אך יסייעו לצמצום היקפן ולשיקום, חלקי לפחות, של הפגיעות הקשות.
כביש גישה קבוע לנחל יתלה יגביר את הפגיעה ללא צורך וינציח את ההפרה והפגיעה הסביבתית, במיוחד זו האקולוגית, באופן חסר תקנה ובלתי ניתן לשיקום.
לעומת זאת מסתבר כי ביצוע הגשר והמסילה בנחל יתלה ללא פריצת כביש גישה משער הגיא הוא ישים בהחלט. תכנון הגשר והפורטלים ודרכי ביצועם, ללא פריצת הדרך המדוברת, נבחן במסגרת הגוף המאשר והגיע לשלב מתקדם לקראת ביצוע.
לאור קיומן של חלופות ביצוע לעבודות ללא פריצת דרך מיוחדת לנחל ולאור העובדה שלא הוכח צורך בכביש גישה קבוע , גריעת הדרך לנחל יתלה בגן הלאומי עלולה להביא לביצועו גם ללא צורך אמיתי, ולחתום את גורלו של נחל יתלה להרס קבוע, בלתי הפיך וחסר תקנה.
כיוון שלא הוכח צורך אמיתי בדרך למטרות חירום וחילוץ, ולאור קיומן של חלופות לביצוע העבודות ללא הדרך המוצעת, עמדת החברה להגנת הטבע היא כי אין לגרוע את שטח הדרך מהגן הלאומי ולהעדיף את השימוש בדרכים הקיימות, ובכך יימנע נזק בלתי הפיך ומיותר נוסף בנחל יתלה.
