ההטבות למקורבים. דו"ח מבקר המדינה (כרך 60 ב', הפרק "הודעה בדיעבד של שר החקלאות ופיתוח הכפר מר שלום שמחון על עניין אישי ברפורמה בענף הלול") חושף כי שר החקלאות מעורב ברפורמה בענף הביצים בעלות 300 מיליון ₪, שתעניק הטבות מפליגות לו ולמקורביו – שני אחיו וארבעה מבני דודיו – ששוויין נע בין 270,000 ש"ח לכמיליון ₪ (תלוי בגודל הלול ובתנאים נוספים). אבן מנחם, המושב בו מתגוררת משפחת שמחון, נכלל בפיילוט של הרפורמה, ויהיה בין הראשונים ליהנות ממענקים ממשלתיים שיינתנו במסגרתה ללולנים, ביניהם בני משפחתו של השר. לפי דו"ח המבקר, השר שמחון הודיע ליועץ המשפטי לממשלה על העניין האישי שלו ברפורמה רק בדיעבד – לאחר שכבר פעל לקידומה ולגיבוש עקרונותיה בשיתוף אגף התקציבים במשרד האוצר:
"נמצא כי השר עסק באופן פעיל בנושא שהיה לו בו, גם לדבריו, עניין אישי, בלא שהצהיר על העניין שיש לו, בלא שקיבל מהיועץ המשפטי לממשלה חוות דעת בנושא ובלא שקיבל מהוועדה למתן היתרים היתר לחריגה מהכללים, כנדרש. רק לאחר שהיה שותף פעיל בגיבוש הצעת ההחלטה של הממשלה הוא הודיע על העניין האישי שלו בנושא" (מתוך דו"ח המבקר).
שמחון חוזר בו: אין ניגוד עניינים. בתגובה לפניות מבקר המדינה, החליט שמחון לעשות דין לעצמו, ולהעניק לעצמו פטור רטרואקטיבי מניגוד העניינים על ידי "ביטול" בדיעבד של הצהרת ניגוד העניינים שהצהיר: "השר הודיע למבקר המדינה כי הוא חוזר בו מהודעתו מ-31.1.07 בדבר הימצאותו במצב של ניגוד עניינים בנוגע להצעת ההחלטה לממשלה, וכי בכוונתו לפעול לקידומה של הרפורמה על פי החלטת הממשלה", כלשון הדו"ח.
הנזק הסביבתי. במסגרת הרפורמה, יפונו הלולים המשפחתיים בגליל מהמושבים, ויועברו לקומפלקסים של לולי-ענק שישתרעו על פני 1,200 דונם של שטחים פתוחים בגליל. את האישורים התכנוניים צפוי לתת אח נוסף של שמחון, אלי, המכהן כיו"ר הוועדה המקומית מעלה הגליל. החברה להגנת הטבע הזהירה מפני הרפורמה בדו"ח האיומים על השטחים הפתוחים.
כעת הרפורמה מוקפאת בצו ביניים עקב עתירתה לבג"ץ של עמותת אנונימוס לזכויות בעלי-חיים. בתגובה לדו"ח המבקר נמסר מהעמותה: "יש לחקור גם מדוע מתעקש שמחון להקים בלולים החדשים 'כלובי סוללה' מיושנים, שנאסרו לשימוש באיחוד האירופי וכן במישיגן ובקליפורניה בשל אכזריותם, ומנוגדים אף לחוק צער בעלי-חיים הישראלי. לפי נתוני דו"ח הצוות לרווחת המטילות במשרד החקלאות, הקמת הלולים הללו יקרה הרבה יותר מאשר הקמת לולים מתקדמים, ללא כלובים. הרפורמה השערורייתית פוגעת הן בלולנים שייאלצו לפרוש מהענף ולסכן את פרנסתם, הן בסביבה והן ב-7 מיליון בעלי-חיים בשנה".
אין זו הפעם הראשונה ששלום שמחון מסתבך בפרשיות המעלות חשד לשחיתות: בתחקיר "הארץ" שפורסם ביום 30.7.2009 נחשף כי אחיו של שמחון מחזיקים במכסות ביצים, ומקבלים מענקים הניתנים לחקלאים לפי חוק הגליל בסכומים המגיעים ל-50 אלף ₪ בשנה, אף שבפועל הם אינם מתגוררים במושבים הזכאים לסבסוד.
בתחקיר גלובס מה-25.9.2008 דווח על חשד לשורה של הטבות מפליגות להן זכה שמחון, לכאורה שלא כדין. בין היתר, נטען שמינהל מקרקעי ישראל סיפח קרקע ציבורית לנחלה הפרטית שבבעלות שלום שמחון, ובניגוד לתנאים הקבועים בחוק להקצאת קרקע כזו. תכניות שהגיש השר שמחון לוועדה המקומית לתכנון ובנייה מעלה הגליל, להרחבת חלקתו על חשבון שטח ציבורי, אושרו (בעוד שאף משפחה אחרת במושב לא זכתה להטבה דומה) על-ידי לא אחר מאשר אחיו, יו"ר הוועדה אלי שמחון. נוסף על כך, את עבודות הקרקע בנחלה המורחבת של שמחון ביצעה הקרן הקיימת, ועבודות הגינון מומנו ע"י משרד החקלאות.
פרשת ק.א.ל. ("אגרקסקו"). על-פי החשד, קיבל שמחון בשנים 2005-2004 טובות הנאה מחברת ק.א.ל. העוסקת בהטסת מטענים חקלאיים - טיסות מוזלות לו ולבני משפחתו, וכן אירוח מוזל בבתי מלון. שמחון טען להגנתו, כי הוא זכאי לטוס במחירים הנקובים בק.א.ל. כי שימש בעבר דירקטור בחברה זו. בבדיקה שנערכה על-ידי מבקר המדינה נמצאו ראיות לעבירות פליליות וניתנה המלצה לפתיחת חקירה משטרתית. ביוני 2006 שכר השר שמחון את שירותיו של עו"ד דוד ליבאי, שר המשפטים לשעבר. בפברואר 2009 הודיע פרקליט המדינה משה לדור, כי הוחלט לסגור את תיק החקירה בשל תשתית ראייתית בלתי מספקת.
