למשרד הבריאות אין מנגנון בקרה ואינו לוקח חלק בתקצוב הפנים ארגוני של קופות החולים השונות, והן חופשיות לחלק כראות עיניהם את הכסף של משרד הבריאות. בנוסף לחוסר הפיקוח, החלוקה היא לפי מדד הפריפריה הרשמי של מדינת ישראל. כך שמקומות כמו עומר או להבים נכללים בה ואילו הכפרים הלא מוכרים או ישובים חלשים צפונים לשדרות לא נכללים ברשימה.
במועצת הנגב, ניסו להבין לאן מגיעים תקציבים שמיועדים לדרום אך משום מה אינם מגיעים אליו. מעשרות שיחות שקיימה המועצה עם רופאים בקהילות השונות בנגב, עלתה המסקנה המדאיגה- כספים שיועדו בתחילת שנת התקציב למחוזות הדרומיים, מוצאים עצמם על פי רוב סותמים גרעונות של מחוזות אחרים, בדרך כלל מהמרכז.
יוהן אטלן, מנכ"ל מועצת הנגב: "במרכז ישנה תחרות בין קופות החולים, מה שמביא לריבוי מבצעים וירידות מחירים. לא תמיד מדובר במחירי רווח. את החורים האלו צריך למלא. כך נוצר מצב שבסוף כל שנה תקציבים וכספים שיועדו לנגב עוברים בתוך קופות החולים, ללא פיקוח של ועדת הקפיטציה ובחסות החוק, לכיסוי גרעונות של קופות החולים במרכז".
פרופ' נדב דוידוביץ מארגון רופאים לזכויות אדם מספר: "משרד הבריאות חייב לפקח באופן אדוק יותר על החלוקה שהוא עצמו עושה. הנוסחה לחלוקת תקציבים מושתתת על מספר המבוטחים. לא יתכן שמבוטחים במרכז שווים יותר ממבוטחים בדרום. זה מצב שאסור לנו להשלים איתו".
בחודש האחרון פתחה מועצת הנגב מאבק בניסיון להילחם בכל עיוותי החוק במדינת ישראל שיוצרים אפליה במתן שירותי הרפואה לתושבי הנגב. במסגרת המאבק חברו במועצה לגופים רבים כמו רופאים לזכויות אדם או ועד הרופאים במרחב הכפרי, ויחד הם מנסים להילחם באפליה הקיימת בשירותי הרפואה בין המרכז לדרום.
"על פי כל הערכות של המדינה, אוכלוסיית הנגב הולכת לגדול משמעותית בשנים הקרובות" מספר אטלן ומוסיף "לאור הערכות אלו, כל מערכות בנגב משתפרות, למעט מערכות הרפואה. לא יתכן שהממשלה תתגאה בפיתוח נגב, תעביר את צה"ל לנגב ותעודד התיישבות, אבל לא תנהל פיקוח על החלוקה התקציבית של קופות החולים. זאת חלמאות לשמה".
