הנקודות הבעייתיות המרכזיות ברפורמה, כפי שקובעת חוות הדעת של רשות הטבע והגנים:
נושאי תכנון:
- ביטול הליכי תכנון משמעותיים וחשובים, תחת הכותרת "תוכנית אחת- וועדה אחת", וזאת על חשבון איכות התכנון
- הגבלה משמעותית של האפשרות להתנגד לתוכניות או לערער על תוכנית שהתקבלה
- שינוי הרכב הנציגים בוועדות והדרת נציגי ציבור וסביבה מוועדות התכנון, כולל הגבלת רשות הטבע והגנים למועצה הארצית בלבד, באופן המוטה בצורה מובהקת לטובת אינטרסים של פיתוח ויזמות.
נושאי בקרה:
- הפקעת תחום הנפקת היתרים והבקרה על הבניה מידי גורמים ממלכתיים המוסמכים על פי דין והעברתו לידיים פרטיות.
- מתן אפשרות לגורמים פרטיים להוציא ואישורים לפגיעה בערכי טבע, נוף ומורשת- פגיעה במשאב ציבורי.
- הצעת רשות הטבע והגנים: השארת הסמכויות בידי המדינה וקביעת פרק זמן מוגבל בו יש להנפיק אישורים לתוכניות בנייה
יובל פלד, מנהל חטיבת התכנון והפיתוח ברשות הטבע והגנים: "רשות הטבע והגנים הינה הגוף הממלכתי היחיד שאמון על שמירת הטבע, הנוף וערכי המורשת בישראל והדרתה מוועדות התכנון תהיה בכייה לדורות. בשנים האחרונות הובנה חשיבותה של רשות הטבע והגנים כבר בשלבי התכנון הראשוניים ומומחי הרשות הפכו לשותפים מלאים במרבית וועדות התכנון (וועדות מחוזיות, ולנת"ע, ולחו"ף) והרפורמה תבטל הישגים חשובים אלו. הפרטת היתרי הרישוי היא נושא נוסף שיש לתת עליו את הדעת- הייתכן שהמדינה תאפשר לקבלנים לשמור על קבלנים? אנחנו מקווים שהמועצה הארצית תיתן משקל להמלצותינו וכי הרפורמה תשונה כך שלצד זירוז הליכים לא ייפגע טיב התכנון ולא ייפגעו הטבע בישראל והשטחים הציבוריים של כלל הציבור".
