כ-150 כלואים (120 שפוטים ו 30 עצורים) מוחזקים בבידוד בבתי הכלא בישראל. מתוכם כ-40 הם כלואים פלסטינים. חלק מהכלואים מוחזקים בבידוד במשך שנים רבות ברציפות. גודלם של תאי הבידוד (הפרדה) נע בין 1.5 על 2 מטרים ל-3 על 3.5 מטרים. בדלת התא מותקן פתח צר הנפתח לשם העברת מזון לאסיר ונסגר מיד לאחר מכן. לכלוא בבידוד אין קשר עין עם כלואים אחרים או סוהרים. לפעמים קיים בתא הבידוד חלון קטן, אך כמעט לא נכנסים דרכו אור טבעי או אויר מהחוץ.
החזקת כלוא בבידוד, כאשר נמנע ממנו לחלוטין מגע אנושי, מכל סיבה שהיא הנו לא חוקי, במיוחד לאור הנזקים הנפשיים והגופניים החמורים, והבלתי הפיכים לעתים, אשר נגרמים בעקבות הבידוד. נזקים אלה כוללים: חרדה, הזיות ראיה ושמיעה, פרנויה, רעידות, מיגרנות ומחלות של המערכת הקרדיווסקולרית.
לדברי ד"ר זאב וינר, מומחה בפסיכיאטריה ורפואת משפחה מרופאים לזכויות אדם: "...כלואים הנתונים בבידוד סובלים מתחלואה נפשית כפליים מאלה שאינם נתונים בבידוד". שירות בתי הסוהר (שב"ס) הכיר בהשפעה החמורה שיש לבידוד על בריאות הנפש, אך יחד עם זאת ממשיך לעשות שימוש בבידוד כשיטת כליאה.
כלואים עלולים להיות מוחזקים בבידוד בתקופת החקירה, כענישה משמעתית, או על מנת להפרידם לתקופה בלתי מוגבלת מאוכלוסיית שאר הכלואים כיוון שכוחות הביטחון סבורים שכלואים אלה מהווים סכנה לביטחונם שלאחרים, ביטחון המדינה, או סובלים מבעיות נפשיות.
השלכות בידודם של כלואים פלסטינים המוגדרים ע"י שב"ס כביטחוניים חמורות מאשר במקרים של כלואים אחרים בשל המגבלות החמורות הנכפות על הכלואים הפלסטינים בכל הנוגע לקשר עם העולם מחוץ לכלא. כלואים פלסטינים אינם רשאים השתמש בטלפון, רבים מנועים מלקבל ביקורי משפחה, הם אינם נפגשים עם עובדים סוציאליים ואינם זכאים לחופשות.
מכלואים המוחזקים בבידוד נמנעת הזכות להליך משפטי הוגן, בין השאר בשל העובדה שהם אינם זוכים לייצוג עורך דין בדיונים הנערכים בבית המשפט בנוגע להמשך החזקתם בבידוד.
השימוש בבידוד מבוקר תדיר כשיטה פסולה תחת החוק הבינלאומי. ועדת האו"ם נגד עינויים גינתה בחריפות החזקה ממושכת של כלואים בבידוד, בהתייחסה לבידוד כאל יחס או ענישה אכזריים לא אנושיים ומשפילים. בשנת 1992 ועדת זכויות האדם של האו"ם הצהירה שבידוד מהווה הפרה של האמנה הבינלאומית לזכויות אזרחיות ופוליטיות. בשנת 1990 הוועדה הכללית של האו"ם קראה להפסקת החזקתם של כלואים בבידוד והפסקת השימוש בבידוד כשיטת כליאה.
הארגונים עדאלה, רופאים לזכויות אדם ואל מיזאן קוראים לממשלת ישראל להפסיק את החזקתם בבידוד של כלואים ולמצוא עבורם פתרונות כליאה המאפשרים מגע אנושי וקיום קשרים סוציאליים. העובדה כי מעבר לעונש המאסר עצמו נענשים כלואים אלה ע"י פגיעה בבריאותם הנפשית והגופנית הינה לא מוסרית ולא חוקית.
