קבוצות הכדורגל הפועלות בהתנחלויות כוללות את בית"ר מעלה אדומים, בית"ר עירוני אריאל, בית"ר גבעת זאב, הפועל בקעת הירדן, הפועל אורנית ואליצור עירוני יהודה. המצליחה ביותר ביניהן היא הפועל בקעת הירדן אשר בשנה שעברה זכתה באליפות ליגה ב' דרום ועל כן משחקת עכשיו בליגה א' דרום. בית"ר גבעת זאב ובית"ר מעלה אדומים משחקות שתיהן בליגה ב' דרום.
בית"ר עירוני אריאל והפועל אורנית משחקות שתיהן בליגה ג' שרון. אליצור עירוני יהודה שהוקמה ב-2014 משחקת בליגה ג' דרום. הקבוצה מורכבת ממתנחלים תושבי הר חברון וקריית ארבע. חברי הארגון "לה-פמיליה" של בית"ר ירושלים תומכים באליצור עירוני יהודה ומגיעים איתה כמעט לכל משחק למרות שזאת ליגה נמוכה.
העובדה כי הקבוצות הנ"ל משחקות בליגות הכדורגל הישראליות מהווה כלשעצמה הפרה ברורה של תקנון פיפ"א. "מדינת פלסטין" היא חברה מן המנין בפיפ"א, וכל השטח שנכבש בידי ישראל ב-1967 נחשב מבחינה בינלאומית כשטח ריבוני של פלסטין. על כן, להתאחדות הכדורגל הפלסטינית יש בפיפ"א מעמד שווה ערך לזה של התאחדות הכדורגל הישראלית.
על פי תקנון פיפ"א, קבוצות כדורגל הנמצאות בשטח מדינה מסוימת צריכות לשחק במסגרת ליגת הכדורגל של מדינתן. בהתאם לכך, קבוצות כדורגל הממוקמות בהתנחלויות אשר נמצאות בשטח מדינת פלסטין צריכות לשחק במסגרת ליגת הכדורגל הפלסטינית ולא בליגה הישראלית, בדיוק כמו שקבוצה צרפתית צריכה לשחק בליגה הצרפתית ולא בליגה האנגלית. כדי שיוכלו קבוצות אלה להשתייך לליגה הישראלית, היה עליהן ועל התאחדות הכדורגל הישראלית לבקש ולקבל אישור מיוחד ויוצא דופן מהתאחדות הכדורגל הפלסטינית. ברור שבפועל מעולם לא הוגשה לפלסטינים בקשה לאישור מיוחד כזה.
כזכור, בחודש מאי בשנה שעברה דרש ג'יבריל רג'וב, ראש התאחדות הכדורגל הפלסטינית, להוציא את ישראל מפיפ"א. בסופו של דבר הסכים רג'וב להמנע מהבאת הדרישה הזאת להצבעה בועידת פיפ"א, ובתמורה הסכימה הנהלת פיפ"א למנות ועדת חקירה שתבדוק את התנהגותה של ישראל בנושא הכדורגל ואת האפשרות של הפרות החוק הבינלאומי ושל תקנון פיפ"א. בין הנושאים שהועלו היה מעצרים של כדורגלנים פלסטינים ומניעת חופש התנועה שלהם, גזענות אנטי- ערבית בקבוצת בית"ר ירושלים ובמיוחד העובדה שבליגות כדורגל ישראליות משחקות שש קבוצות כדורגל הממוקמות בהתנחלויות בשטח כבוש.
ראוי לציין כי לפי החלטת פיפ"א, אם לא תושג פשרה המקובלת על התאחדויות הכדורגל הפלסטינית והישראלית, הרי ההצעה הפלסטינית להשעות את ישראל מחברות בפיפ"א תחזור לסדר היום ולהצבעה בועידת פיפ"א הבאה. בראש ועדת החקירה של פיפ"א בנושא התנהגותה של ישראל הועמד נציג דרום אפריקה טוקיו סקסוואלה שהוא איש ציבור ידוע מאד בארצו – הוא ישב בכלא יחד עם נלסון מנדלה, ולאחר נפילת משטר האפרטהייד היה מושל מחוז, שר בממשלת דרום אפריקה ואחד המועמדים להחליף את נלסון מנדלה בנשיאות. כיום הוא איש עסקים המעורב בעסקי מכרות חובקי עולם. סקסוואלה יחד עם יתר חברי ועדת החקירה של פיפ"א ביקר לאחרונה בישראל, בגדה המערבית וברצועת עזה ונפגש עם נציגי התאחדויות הכדורגל בשני הצדדים.
הוא צפוי בקרוב להגיש להנהלת פיפ"א מסקנות לגבי התלונות שהגישו הפלסטינים. לקראת מועד הגשת המסקנות מתגבר המסע העולמי שמנהלים ארגוני חברה אזרחית ברחבי העולם. קרוב למאה וחמישים אלף אנשים חתמו על עצומה ביוזמת ארגון אבאאז הקוראת לסלק את קבוצות הכדורגל של ההתנחלויות מליגות הכדורגל הישראליות, או לחילופין לחייב קבוצות אלה לעזוב את ההתנחלויות ולעבור לתחומי הקו הירוק. אי מילוי הדרישה עלול להביא לסילוק ישראל מפיפ"א ומניעת השתתפותה בתחרויות כדורגל בינלאומיות.
