במסגרת הרפורמה בתעריפי הנמלים ועד להשלמת הערכות המיחשובית של קהילת סחר החוץ למהלך, הודיע היום מנהל רשות המסים, יהודה נסרדישי, כי הוחלט בתיאום עם התאחדות התעשיינים, איגוד לשכות המסחר, הנמלים הימיים ומשרד התחבורה לקבוע לתקופת ביניים החל מה- 1 באוקטובר 2010 ועד ל-1 בינואר 2011 כי האגרות שיוצהרו ברשימון היבוא יחושבו בשיעור 0.3 אחוז מערך הטובין CIF או 250$ לטון לפי הנמוך ביניהם
ביום 14/4/2010 פורסמה הרפורמה בתעריפי הנמלים במסגרת צו פיקוח על מחירי מצרכים ושירותים (שירותי נמל), תש"ע- 2010 (להלן- צו הפיקוח). מועד תחילתה של הרפורמה נקבע ליום 1/10/2010.הרפורמה משנה את אופן חישוב אגרות הנמל. כיום אגרות הנמל מחושבות כאחוזים מערך הטובין. מטרת הרפורמה, בין היתר, הייתה לקבוע את אגרות הנמל בזיקה לשירותים הניתנים על ידי הנמלים, כלומר, קביעת תעריפים אשר ישקפו את עלות מתן השירות על ידי הנמלים (בהתאם למשקל, סוג טובין וכדו' המשפיעים על עבודת הנמל), תוך ניתוק הדרגתי של הזיקה בין התעריפים לערך הטובין המיובאים. בהתאם, צו הפיקוח קובע מספר אגרות אשר יחליפו את אגרות הנמל הקיימות.בהתאם לפקודת המכס אגרות הנמל מהוות מרכיב בקביעת ערך הטובין לצורך חישוב מסי יבוא ובהתאם יש להצהיר עליהן במסגרת רשימון היבוא. יובהר, כי החובה להצהיר על הערך לצורכי מכס מוטלת על היבואן ו/או סוכן המכס המגיש בשמו את רשימון היבוא.לאור אופן חישוב אגרות הנמל כיום, קיים קושי לקהיליית הסחר הימי לחשב את אגרות הנמל לפי הוראות צו הפיקוח במועד הגשת רשימון היבוא לצורך תשלום מסי יבוא, ונדרשת היערכות מיחשובית מתאימה מצד כל הגורמים הנוגעים, אשר תיארך כמספר חודשים. אשר על כן, עד להתאמת המערכת המיחשובית לצו הפיקוח והיערכות כל הגורמים הקשורים לעניין זה (סוכני המכס, היבואנים, חברת נמלי ישראל וחברות הנמל) ועל מנת למנוע פגיעה בתהליכי הסחר הבינלאומי של ישראל, גיבשה רשות המסים, בתיאום עם התאחדות התעשיינים, איגוד לשכות המסחר, הנמלים, חברת נמלי ישראל ומשרד התחבורה, הוראת שעה, לפיה תחושבנה האגרות בשיעור של 0.3 אחוז מערך הטובין לצורכי המכס אך לא יותר מ- 250$ לטון וזאת לתקופה של שלושה חודשים עד ל-31 בדצמבר 2010.
