דלקת בדרכי השתן מתרחשת כאשר חיידקים חודרים ממערכת העיכול אל מערכת השתן הסטרילית. משפחת החיידקים המזוהה ביותר עם זיהום זה הינה הE - קולי (Escherichia coli) , השוכנת באופן טבעי במעיים. הגורמים לדלקת זו מגוונים, ביניהם: שימוש ממושך באנטיביוטיקה, שינויים הורמונאליים, הפרת איזון סוכר ומגע מיני. בקיץ ברחצה בבריכות השחייה ובים יש סיכון מוגבר לדלקות בדרכי שתן, בגלל המים המזוהמים לרוב בחיידקים מהמתרחצים ומהסביבה.
