בין השנים 1996-1997 היה במאי הבית של תיאטרון חיפה ובשנים 1991-1994 היה במאי הבית של התיאטרון הלאומי הבימה. בשנים 1997-2000 ניהל את תיאטרון חיפה.
מלבד קריירה במשחק בתיאטרון, קולנוע וטלויזיה נחשב פינקוביץ' לאחד מהבולטים בבמאי דור הביניים בישראל. בין ההצגות שביים: "אהבה זה לא הכל" –בית ליסין,2009- "פרינסס מרי 7 " – בית ליסין,,2009- "תנאים של חיבה" – בית ליסין,2008- "אקווס" – בית ליסין,2008- "הגיל הנכון לאהבה" – הקאמרי,2007 - "האגם המוזהב" - בית ליסין,2007 - "סופ"ש עם תום" - בית ליסין,2007- "אהבת חיי" – בית ליסין,2006 – "תה" – בית ליסין,2006 – "קפה ערבה" – בית ליסין,2005 – "פילומנה" – בית ליסין,2005 - "זהות" - בית ליסין,2004- "אבודים ביונקרס" - בית ליסין,2004 – "הדודה ואני" – הקאמרי,2003 – "מקס ומוריץ" – מדיטק חולון,2003 – "מותו של סוכן" – הבימה,2002- "אוהבים את אופל" –הבימה,2002 – "עוץ לי גוץ לי" – הקאמרי,2001 – "יומנה של אנה פרנק" – הבימה,1999- "פירוק" – תיאטרון חיפה,1998- " להיות או לא להיות" - תיאטרון חיפה,1997 - " מלאכים באמריקה" - תיאטרון חיפה,1995 – "גטו" U.S.F , טמפה, פלורידה ועוד.
ב2008 זכה בפרס תיאטרון בית לסין על בימוי. בין נימוקי הוועדה הבוחרת: "רוני פינקוביץ' הוא מהבולטים שבבמאי דור הביניים בישראל, מנהיג טבעי שיודע גם לשלב ידיים בעבודת הצוות של התיאטרון. הפרס ניתן לו על תרומתו המיוחדת לתיאטרון בשנים האחרונות ועל היותו גורם מוביל בעיצוב רוחו האמנותית של התיאטרון. מעבר לעבודותיו המוצלחות כבמאי רפרטוארי, רוני נרתם בחדוות יצירה אמיתית לסייע בבימוי ערבי מחווה וערבים מיוחדים של התיאטרון, כמו גם למדיניות האמנותית של התיאטרון בקידום מחזאים צעירים.
לדברי ועדת האיתור הבחירה ברוני פינקוביץ מהווה המשך ישיר לחזונו ורצונו של תיאטרון המדיטק להיות מוביל ומשפיע על עולם תיאטרון הילדים והנוער כפרט ותיאטרון ככלל. הבחירה ברוני פינקוביץ כמו במשה קפטן כמנהלים אמנותיים הינה חלק מהתפישה כוללת של המדיטק והעיר חולון המנסה לרתום לחזונה את מיטב אנשי המקצוע בכל אחד מתחומי התרבות.
