בסוף אוגוסט 2009 הורשע שגיב בבית הדין למשמעת של עובדי המדינה בחיפה, בכך שבהיותו מנהל המכללה, הטריד מינית את עובדת המכללה, קטיה בילקביץ. על שגיב נגזרו נזיפה חמורה, העברה מתפקיד ופסילה ממילוי תפקיד ניהולי, והוא פרש מתפקידו כמנהל המכללה בסוף חודש אוגוסט 2009.
שגיב ערער על ההרשעה ועל העונש שנגזר עליו לבית המשפט המחוזי בחיפה, וערעורו נדחה. ראשיתה של הפרשה בשנת 2005, כאשר קטיה בילקביץ' הגישה תלונה לנציבות שירות המדינה בגין הטרדות מיניות שסבלה מפרופ' שגיב, אשר כיהן כמנהל המכללה החל משנת 1999, והיה עובד משרד החינוך.
במקביל לקיום ההליכים המשמעתיים כנגד שגיב, הגישה בילקביץ, בשנת 2007, באמצעות עו"ד אודליה לוי-אטינגר ועו"ד דנה דרור, ממשרד עוה"ד לוי-אטינגר, בוטון ושות', תביעה לבית הדין לעבודה בתל אביב, נגד שגיב ונגד המכללה, בגין הטרדה מינית, התנכלות ואי קיום חובות מעסיק על פי החוק והתקנות למניעת הטרדה מינית.
בעקבות בקשה לצו מניעה זמני שהוגש לבית הדין לעבודה על ידי עורכות דינה, הוחזרה בילקביץ לתפקידה הקודם במכללה. התביעה שהגישה בילקביץ לבית הדין לעבודה תלויה ועומדת, ושמיעת העדים בתיק צפויה להתקיים בחודש ינואר 2011.
מיד לאחר הרשעתו של שגיב בהליך המשמעתי, הועברה בילקביץ לתפקיד זוטר במכללה, ואילו שתי חברותיה רונית חכמון ודלילה פיגנבאום- שהעידו מטעם הנציבות בהליך המשמעתי נגד שגיב, פוטרו מתפקידן.
במהלך יולי האחרון הגישו חכמון ופיגנבאום, באמצעות עוה"ד אודליה לוי-אטינגר ודנה דרור, שתי תביעות נוספות לבית הדין לעבודה בת"א, נגד שגיב והמכללה, בגין פיטורים שלא כדין, התנכלות, אי קיום שימוע והפרת חובות מעסיק לפי החוק והתקנות למניעת הטרדה מינית. השתיים תובעות יחד מעל חצי מיליון שקל בגין פיטורין שלא כדין.
השתיים מספרות בתביעתן כי תוך כדי ניהול ההליכים נגדו, הצהיר פרופ' שגיב כי הוא "יפרק את המינהל האקדמי" ו"ייפטר" מכל העובדות שהעידו נגדו בהליך המשמעתי. ואכן, מיד לאחר מתן גזר הדין, החל פרופ' שגיב במסע נקמה כנגד כל עובדות המינהל האקדמי במכללה אשר סייעו לקטיה בילקביץ' להגיש את תלונתה בגין ההטרדה המינית, ואשר העידו מטעם הנציבות בהליך המשמעתי שנוהל כנגד שגיב. פרופ' שגיב, אשר פרש מתפקידו בחודש אוגוסט 2009, ביצע את זממו בתמיכה מלאה של המכללה, ובסיועו של מחליפו ועושה דברו, פרופ' בן סירא, אשר מונה כמ"מ מנהל המכללה לאחר פרישתו של שגיב.
מסע הנקמה כלל את פיטוריהן של התובעות, העברתה של בילקביץ לתפקיד זוטר, והוצאה לגמלאות של שתי עובדות נוספות במינהל האקדמי, כל זאת בטענה ל"שינוי ארגוני", כביכול, שבוצע במכללה. כפי שמפורט בכתבי התביעה, לא בוצע שינוי ארגוני אמיתי, אלא אותם תפקידים אוישו על ידי עובדים אחרים, תחת שמות שונים. בפועל, עובדות המנהלה היחידות שפוטרו עקב ה"שינוי הארגוני" במכללה הן התובעות, וזאת מתוך כ-60 עובדי מינהלה במכללה, כאשר לכל שאר העובדים נמצאו תפקידים חלופיים. כמו כן, העובדת היחידה שהושארה בתפקידה במינהל האקדמי הינה עובדת שלא העידה במסגרת ההליך המשמעתי שנוהל נגד שגיב.
כתבי הגנה מטעם המכללה בשתי התביעות אמורים להיות מוגשים עד לתאריך 6/10/10, ואילו שגיב אמור להגיש כתבי הגנה מטעמו עד ל- 10/10/10.