בבתי הזיקוק נוצרות באופן שוטף ביצות תעשייתיות, המוגדרות כפסולת מסוכנת משני סוגים: ביולוגית, מתהליך הטיפול בשפכים, ושומנית, שמקורה בניקוי תחתיות זיקוק ומכלי איחסון. בוצות אלו נצטברו בבתי הזיקוק ולא פונו כפי שנדרש מהמפעל. בסוף 2009 דווח למשרד להגנת הסביבה כי היקף הבוצות מגיע ל-12 אלף טון ומדי שנה מתווספים לו 3,000 טון נוספים.
למרות שסוכם עם המפעל בעבר כי יוקם מתקן לטיפול בבוצות בזמן סביר, המפעל החליט בפברואר השנה כי אין בכוונתו להקים מתקן שכזה. בכך, מפר המפעל את דרישות היתר הרעלים ואת תקנות רישוי עסקים (סילוק פסולת חומרים מסוכנים).
לאור זאת, דורש המשרד להגנת הסביבה מהמפעל לסלק חלק מרעלים אלו לאתרים מורשים עד לחודש ספטמבר 2010 לכל המאוחר ובמקביל, להקים מתקן לטיפול בבוצות בתחומי המפעל עד לחודש ינואר 2011.