המרכז הוא פרי יוזמה של שני מרצים, חוקרים מהמכללה, שהם תושבי הגליל: ד"ר אסיקה מרקס אתנו-מוסיקולוגית מקיבוץ אל-רום שברמת הגולן, מומחית למוסיקה יהודית וערבית העוסקת גם בחינוך מוסיקאלי, וד"ר יוסי ממן מראש פינה, ד"ר לחינוך ואנתרופולוג מומחה להערכת תהליכים, ולעבודה עם אוכלוסיות מתרבויות שונות.
ראשיתה של היוזמה בשנת 2004, משעלתה הנחיצות למסגרת מחקרית-אקדמית, שתעניק קורת גג לחוקרים המעוניינים לחקור ולהעריך את הגליל. הרעיון מונף ע"י פרופסור אהרן קלרמן, נשיא המכללה האקדמית צפת "הקמתו של מרכז המחקר במכללה כמסגרת מחקרית הפועלת באופן טבעי ב'שדה המחקר' - הגליל, תגביר את הקרבה בין מרצים כחוקרים לאוכלוסיות היעד של המחקרים העתידיים".
ב'מרכז צפת לחקר קהילות ותרבויות בגליל" חברים 50 עמיתי מחקר מהמכללה המגיעים מתחומים שונים: מדעים, שפות, ארץ ישראל וארכיאולוגיה, מיסטיקה, אנתרופולוגיה, ספרות, חינוך, משפטים, סיעוד, סוציולוגיה, מוסיקה, אמנות ועבודה סוציאלית. מטרות המרכז הן לבנות תשתית מחקרית אקדמית ולעודד את סגל המכללה לבצע מחקרים בנושאים הקשורים לגליל. כמו כן לממן את המחקרים, לייסד ערוצי פרסום עבור חוקרים, ליצור במות להצגת המחקרים, לשתף את הסטודנטים הלומדים במכללה ואת הציבור הרחב בפעילויות השונות של המרכז, ולבצע מחקרי הערכה במכללה ובקהילות הגליל.
הכנס האקדמי הראשון של המרכז "הגליל והמוסיקה היהודית והישראלית", יתקיים בנובמבר 2010. נושאו המרכזי של הכנס יעסוק במוסיקה יהודית מסורתית ומוסיקה ישראלית, שמקורם בגליל או שהגליל היווה מקור השראה ביצירתן.
'מרכז צפת לחקר קהילות ותרבויות בגליל', ינוהל ע"י ד"ר אסיקה מרקס וד"ר יוסי ממן. כבר עתה החלו מספר מרצים מהמכללה בגיבוש רעיוני למחקרים המקיפים תחומי עניין מגוונים בגליל.