פרופ' מיכל שפירא נבחרה על ידי סינאט אוניברסיטת בן-גוריון כדיקנית הבאה של בית הספר ללימודי מחקר מתקדמים ע''ש קרייטמן במוסד. בימים אלה היא נכנסה לתפקידה במקומו של הדיקן הפורש, פרופ' רמי ברושטיין בית הספר ללימודי מחקר מתקדמים ע''ש קרייטמן מעניק ליווי אקדמי ומנהלי לתלמידים הלומדים לקראת התואר השלישי בכל שלבי התקשרותם עם המוסד, החל מקבלתם, דרך מעקב אחר התקדמותם המחקרית, וכלה בהליכים שיביאו לאישור התואר השלישי על ידי הסינט.
פרופ' שפירא השלימה את לימודי הדוקטוראט שלה במכון וויצמן למדע, ואת ההשתלמות הבתר דוקטוראלית שלה בצעה אוניברסיטת מישיגן באן-ארבור. במהלך הקריירה האקדמית שלה עבדה במכון וויצמן למדע, וכמדענית אורחת באוניברסיטאות Duke בצפון קרולינה, ובאוניברסיטת Northwestern באילינוי. ב -1995 הצטרפה פרופ' שפירא לסגל המחלקה למדעי החיים באוניברסיטת בן גוריון.
מחקריה של פרופ' שפירא עוסקים בהבנה של מנגנונים מולקולריים המאפשרים לתאים חיים להתמודד עם מצבי עקה הנגרמים מחשיפה לתנאי סביבה עוינים. חשיפה לטמפרטורות חריגות או לחמרים מחמצנים מסבה נזקים חמורים לתאים, במיוחד לחלבונים, המהווים מרכיב מרכזי בכל תא, ורגישים לחשיפה לעקות סביבתיות אלו. מצב זה מחייב את התאים להפעיל מנגנוני הגנה מולקולאריים, לשנות את המערך המטבולי שלהם ולייצר חלבונים חדשים בעלי תכונות המאפשרות להם להתגבר על הנזקים שנגרמו. חלבונים מסונתזים בתאים בתהליך מורכב ומבוקר ביותר הנקרא תרגום.
פרופ' שפירא מתמקדת במיקרו-אורגניסמים כמערכות מודל, ונשוא מחקרה העיקרי הוא לישמניה, טפיל חד תאי המוכר בארץ כגורם אנדמי למחלת "שושנת יריחו".
ענף מחקר נוסף במעבדתה של פרופ' שפירא מתמקד בבקרת תרגום חלבונים באצות בעקבות חשיפתן לתנאי עקה קיצוניים הנגרמים על ידי חשיפתן לסביבות עם עצמות אור גבוהות במיוחד. פרופ' שפירא וחברי קבוצת המחקר שלה פרסמו מודל חדשני לבקרת תרגום בכלורופלסט, אברון תאי בו מתרחש תהליך הפוטוסינטזה באצות ובצמחים, המבוסס על בקרת מצבי חמצון-חיזור מושרי אור בתאים פוטוסינטטים.
מחקריה של פרופ' שפירא זכו בעבר ובהווה למימון נדיב מקרנות מחקר תחרותיות רבות, ביניהן הקרן הלאומית למדע (ISF), הקרן הדו לאומית למדע ישראל-ארה''ב (BSF), הקרן הדו-לאומית למדע ישראל- גרמניה (GIF), ארגון הבריאות העולמי (WHO), וכן משרדי הבריאות והמדע בישראל.
פרופ' שפירא כהנה כיו''ר ועדת הוראה למוסמכים בפקולטה למדעי הטבע (2004-2008). בהמשך, עמדה בראש המסלול לביולוגיה וביוטכנולוגיה ימית של המחלקה למדעי החיים בקמפוס אילת. במהלך כהונתה בתפקיד זה פתחה פרופ' שפירא את תכנית הלימודים לקראת תארים גבוהים במסלול זה.
