בעקבות החלטת משרד המשפטים לפתוח בחקירה פלילית נגד הרב שלמה אליהו מצפת בגין התבטאויותיו נגד ערבים, חזרה האגודה לזכויות האזרח על הדרישה, ששר המשפטים יעקב נאמן יפעיל את סמכותו וייזום בירור משמעתי והליכי הדחה נגד הרב אליהו ונגד רבני עיר נוספים שהצטרפו לקריאותיו הגזעניות.
רק לאחרונה (ב-21 לדצמבר 2011) התייחס בית הדין הארצי לעבודה לסוגיה דומה, שעה שאישר החלטה שלא למנות אדם למשרת אימאם, שכלל בדרשותיו הדתיות "מסרים שליליים נגד יהודים ונגד מוסדות המדינה".
השופטים פסקו: "תפקיד האימם הוא תפקיד ציבורי רב חשיבות. האימם נמנה על מנהיגי הקהילה הדתית. למעשיו והתבטאויותיו השפעה רבה על הציבור הנוהה אחריו, כך שמחד בידו להצית את אש הקנאה הדתית ולהעצים האיבה בין הדתות… ומאידך יש בידו לתרום להרגעת רוחות סוערות והשכנת שלום וקירוב לבבות… פועלו של המערער… מצביע בעליל עד כמה מבוססת החלטת הוועדה בדבר חוסר התאמתו למשרה נוכח ריחוקו להיות איש הסובלנות וקירוב הלבבות האישי והבין דתי, כדרישות המשרה" (ע"ע 4695-05-11 אבו עג'ווה נ' מ"י; המערער יוצג על ידי עו"ד מיכאל ספרד).
לדברי עו"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח, "קשה להבין מדוע אימם נפסל מלשמש במשרה ממלכתית בשל דבריו, בעוד שרבנים בכירים בשירות המדינה ממשיכים להסית לגזענות באין מפריע. האם יתכן ששר המשפטים סבור, ש'דרישות המשרה' של אימם שונות מדרישות המשרה של רב עיר? האם רב, בניגוד לאימם, אינו חייב להיות 'איש סובלנות וקירוב לבבות'?'"
לפני כשנה, בעקבות התבטאויות גזעניות של הרב אליהו, פנתה האגודה לשר המשפטים בבקשה ליזום הליכי משמעת והדחה נגד הרב אליהו ונגד רבני עיר נוספים שהצטרפו לקריאותיו הגזעניות: "הדעת אינה סובלת, שעובד מדינה בכיר ישתמש במעמד וביוקרה, שנתנה לו המדינה, על מנת להשפיל ולבזות בני אדם, ולרמוס את כבודם ואת זכויות היסוד שלהם”.
עו"ד פינצ'וק הוסיף, "שר המשפטים חייב לעשות שימוש בסמכותו, ולכל הפחות לשקול הדחה של רבנים שמסיתים לגזענות, וזאת בין שההסתה היא פלילית ובין אם לאו. ההחלטה לגלגל את העניין למישור הפלילי אינה באה במקום החובה לנקוט בהליכים משמעתיים. המחדל המתמשך בעניין זה נותן לגיטימציה לרבנים להמשיך ולהסית ממרום כהונתם הממלכתית".