בפני המועצה הוצגו מספר חלופות למיקום המתקן, ביניהן: בסמוך לכלא קציעות, בסמוך לכלא נפחא, בסמוך לכלא באר שבע באזור הר שגיא.
המועצה בחנה את החלופות השונות בהתאם לשיקולים הבאים : המצאות תשתיות קיימות בסמיכות, מניעת פגיעה בערכי טבע ונוף, קרבה למתקנים קיימים של שירות בתי הסוהר, מרחק ממקומות ישוב ושיקולים תכנוניים שונים.
מהערכת החלופות עולה כי אזור קציעות הוא האזור המתאים ביותר למיקום מרכז השהייה הזמני למסתננים מגבול מצרים. האזור משלב ריחוק ממרכזי אוכלוסייה גדולים יחד עם קרבה לתשתיות ארציות כמו מערכת הדרכים הארצית ומערכות התשתית האחרות. קרבה זו למערכות התשתית מאפשרת הן את הקמתו המיידית של המרכז, על פי החלטת הממשלה, והן חסכון בהשקעות הציבוריות בנושא זה. אזור קציעות קרוב קרבה מיידית לגבול עם מצרים. הקרבה לבתי סוהר ולמתקן סהרונים בפרט היא בעלת יתרונות תפעוליים משמעותיים ויש בה צמצום הפגיעה הסביבתית.
בנוסף, חלופת אזור קציעות היא בעלת יתרונות משמעותיים לאזור. במשרד הפנים טוענים כי החלופה תביא הן ליצירת פוטנציאל מקורות הכנסה באזור והן לשדרוג התשתיות באזור .
