ארגון זכויות האדם בצלם דורש כי תיערך לאלתר חקירה עצמאית ואפקטיבית לבירור נסיבות ההשתלטות הצבאית על משט הספינות לעזה, שהביאה להריגתם ופציעתם של עשרות ממשתתפיו. על החקירה להיערך על ידי גורמים מחוץ לצבא.בין הנושאים שיש לחקור, לטענת בצלם:

האם השימוש שעשה הצבא בכוח היה מידתי, האם הכוחות שהשתלטו על הספינה אומנו להתמודדות עם אירועים מסוג זה, האם הם צוידו באמצעים המתאימים לכך, מה היו הוראות הפתיחה באש שניתנו לחיילים והאם נבחנו חלופות לפעולה.

"דובר צה"ל טוען לאלימות קשה שהופעלה מצד הפעילים על הספינה. מידע זה מתבסס על דיווחי החיילים בלבד. אולם, לפני קביעת המסקנות, יש לבצע חקירה שתתבסס על עדויותיהם של כל עדי הראיה מן האירוע, כולל משתתפי המשט שנמצאים כעת במעצר בישראל." אומרים בבצלם.

האגודה לזכויות האזרח פנתה היום במכתב דחוף לראש הממשלה, לשר הביטחון ולשר לביטחון פנים בקריאה לאפשר מחאה ולהימנע מהפעלת כוח מיותר כנגד מפגינים, בישראל או בשטחים.

לדברי "חגי אלעד">חגי אלעד , מנכ"ל האגודה לזכויות האזרח: "הזיכרון העגום של אירועי אוקטובר, שכללו אף הרג מפגינים, עדיין מהדהד בעוצמה. למרבה הדאגה, הניסיון מלמד כי קיים חשש אמיתי להפעלת כוח בלתי פרופורציונאלי על ידי כוחות הביטחון, עד כדי שימוש בכוח קטלני – ובמיוחד כאשר מדובר במפגינים ערבים. על משטרת ישראל לפעול בריסון ובהתאם למסקנות ועדת אור, להימנע מהפעלת כוח מופרז ולאפשר קיומה של מחאה דמוקרטית ללא הפרעה. חובתם של כוחות הביטחון היא בראש ובראשונה להגן על שלומם של אזרחים, בפרט אלו המממשים את זכות האדם הבסיסית שלהם לבטא את מחאתם בנסיבות המזעזעות הנוכחיות."

אלעד הוסיף עוד "מאות המעצרים שבוצעו בזמן מבצע "עופרת יצוקה" אמנם לא הביאו לפגיעות בנפש, אך ביטאו מדיניות של יד קשה באופן מופרז כנגד מפגינים, גם במקרים של מחאה חוקית. על ראש הממשלה להעביר מסר חד וברור, הן לצבא והן למשטרה, כי חובתם לאפשר מחאה לגיטימית, אף אם זו תגרום להפרה מסוימת של חיי השגרה, וכי עליהם לעשות כל שניתן כדי להימנע מפגיעה במפגינים".