פרופ' זיסר הינו בוגר לימודי התואר הראשון בהצטיינות בחוג להיסטוריה של המזה"ת ובחוג לשפה ולספרות ערבית באוניברסיטת תל אביב (1982-1985). את לימודי התואר השני (1985-1988) והשלישי (1988-1992) עשה אף הם באוניברסיטת תל אביב. את עבודת התואר השני שאותה סיים בהצטיינות יתרה כתב אודות המאבק הישראלי-ערבי על מי הירדן והמערכת הבין-ערבית (1959-1967). נושא עבודת הדוקטורט שלו, אותה כתב בהנחייתו של פרופ' איתמר רבינוביץ, הוא לבנון: אתגר העצמאות, שנו נשיאותו של בשארה אל-ח'ורי (1943-1952).
תחום התמחותו של פרופ' זיסר הינו המזה"ת בן זמננו, למן סיומה של מלחמת העולם השנייה ועד לימינו. לצד עיסוק בשאלות מדינה, חברה וכלכלה במזה"ת, שאלות של מדיניות חוץ ויחסים בינלאומיים, וכן שאלות של זהות תרבותית ולאומית, ממקד עצמו פרופ' זיסר בלימוד ובעיסוק בתולדות סוריה ולבנון.
פרופ' זיסר מוכר כיום כאחד החוקרים המובילים בארץ ובקרב הקהילה האקדמית בעולם בתחום עיסוקו זה. הוא פרסם שבעה ספרים, וקרוב לתשעים מאמרים ומחקרים שעניינם סוריה למן קבלת עצמאותה (בשנת 1946) , במיוחד מאז תפסה בה שושלת אסד את השלטון (בנובמבר 1970). כן עוסקים מחקריו של פרופ' זיסר בתולדותיה של לבנון לאורך המחצית השנייה של המאה.
בין ספריו של פרופ זיסר: סוריה של אסד – על פרשת דרכים (הקיבוץ המאוחד, 1999); פניה של סוריה, משטר, מדינה וחברה (הקיבוץ המאוחד, 2003); בשם האב, שנותיו הראשונות של בשאר בשלטון (הוצאת הספרים של אוניברסיטת תל אביב, 2004); לבנון: דם בארזים, ממלחמת האזרחים למלחמת לבנון ה שני ה (הקיבוץ המאוחד, 2009), וכן Lebanon: the Challenge of Independence (London, 2000); Asad’s Legacy: Syria in Transition (New York, 2000); Commanding Syria: Bashar al-Asad's First Years in Power (London, 2006). יצוין כי ספרו של פרופ' זיסר אודות שנות שלטונו הראשונות של בשאר אל-אסד תורגם לערבית והוצא לאור בידי הוצאת הספרים המצרית, מדבולי בשנת 2006.
בשנים האחרונות שהה כפרופסור אורח באוניברסיטת קורנל בארה"ב וכן כעמית מחקר במכון הוושינגטוני למדיניות מזרח תיכונית בוושינגטון בארה"ב. הוא מרבה להרצות אודות תחומי התמחותו בכנסים ובועידות בינלאומיות באוניברסיטאות ובמכוני מחקר ברחבי העולם.